Bibliothèque de logiciels FMRIB - FMRIB Software Library
| Développeur (s) | Groupe d'analyse FMRIB |
|---|---|
| Version stable | 6.0.1 / 11 mars 2019
|
| Écrit en | C ++, TCL |
| Système opérateur | Linux , macOS |
| Disponible en | Anglais |
| Taper | Visualisation scientifique et calcul d'images |
| Licence | Personnalisé, non commercial |
| Site Internet | fsl |
La bibliothèque de logiciels FMRIB , en abrégé FSL , est une bibliothèque de logiciels contenant des outils d'analyse d'images et de statistiques pour des données d'imagerie cérébrale IRM fonctionnelle , structurelle et de diffusion .
FSL est disponible à la fois sous forme de binaires précompilés et de code source pour les ordinateurs Apple et PC ( Linux ). Il est disponible gratuitement pour un usage non commercial.
Fonctionnalité FSL
| IRM fonctionnelle | |
|---|---|
| EXPLOIT | Analyse FMRI basée sur un modèle avec interface graphique simple mais puissante: prétraitement des données (y compris la correction de la synchronisation des tranches, la correction de mouvement MCFLIRT et le déformation PRELUDE + FUGUE EPI); Analyse de séries temporelles FILM GLM avec pré-blanchiment; enregistrement sur des images spatiales structurelles et / ou standard; et une analyse de groupe à effets mixtes entièrement généralisée utilisant des techniques bayésiennes avancées. |
| MÉLODIQUE | Analyse FMRI sans modèle à l'aide de l'analyse probabiliste en composantes indépendantes (PICA). MELODIC estime automatiquement le nombre de sources de bruit et de signal intéressantes dans les données et, grâce au "modèle de bruit" associé, est capable d'attribuer des significations ("valeurs p") aux cartes spatiales de sortie. |
| FLOBS | Génération de fonctions de base HRF optimales et estimation d'activation bayésienne. |
| SMM | Modélisation de mélanges spatiaux - tests d'hypothèses alternatives utilisant la modélisation de mélanges d'histogrammes avec régularisation spatiale de la classification des voxels en activation et non-activation. |
| IRM structurelle | |
| PARI /
BET2 |
Outil d'extraction du cerveau - segmente le cerveau du non-cerveau dans les données structurelles et fonctionnelles, et modélise les surfaces du crâne et du cuir chevelu. |
| SUSAN | Réduction du bruit non linéaire. |
| VITE | Outil de segmentation automatisée de FMRIB - segmentation du cerveau (en différents types de tissus) et correction du champ de biais. |
| FLIRTER | Outil d'enregistrement d'image linéaire de FMRIB - enregistrement linéaire inter- et intra-modal. |
| FUGUE | Annule la distorsion géométrique dans les images EPI à l'aide des cartes de champ B 0 . |
| SIENNE | Analyse des changements structurels du cerveau, pour estimer l'atrophie cérébrale. |
| IRM de diffusion | |
| FDT | Boîte à outils de diffusion de FMRIB - outils pour la reconstruction des paramètres de diffusion de bas niveau et la tractographie probabiliste. |
| TBSS | Tract-Based Spatial Statistics (qui fait partie de la boîte à outils de diffusion de FMRIB) - analyse voxelwise de données de diffusion multi-sujets. |
| Autres outils | |
| Inférence | Divers outils d'inférence / seuillage, y compris: Randomise (outil d'inférence basé sur la permutation pour le seuillage statistique non paramétrique), cluster (seuillage basé sur des grappes utilisant la théorie GRF pour l'inférence), FDR (inférence de taux de fausses découvertes) et Glm (une interface graphique pour créer la conception de modèle matrices). |
| FSLeyes | Outil d'affichage interactif pour les données 3D et 4D. |
| AVWUTILS | Divers utils pour la conversion et le traitement des images. |
Histoire et développement
FSL est rédigé principalement par des membres du groupe d'analyse FMRIB (Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain), Université d'Oxford, Royaume-Uni. La première version de FSL remonte à 2000; il y a eu environ une nouvelle version majeure chaque année à ce jour. Le groupe d'analyse FMRIB est principalement financé par le Wellcome Trust et les conseils de recherche du Royaume-Uni EPSRC et MRC .
Voir également
Liens externes
Les références
- ^ SM Smith. Extraction de cerveau automatisée rapide et robuste . Human Brain Mapping, 17 (3): 143-155, novembre 2002.
- ^ Jenkinson, M., Bannister, P., Brady, JM et Smith, SM Optimisation améliorée pour l'enregistrement linéaire robuste et précis et la correction de mouvement des images du cerveau . NeuroImage, 17 (2), 825-841, 2002.
- ^ SM Smith, M. Jenkinson, H. Johansen-Berg, D. Rueckert, TE Nichols, CE Mackay, KE Watkins, O. Ciccarelli, MZ Cader, PM Matthews et TEJ Behrens. Statistiques spatiales basées sur le tract: analyse Voxelwise de données de diffusion multi-sujets . NeuroImage, 31: 1487-1505, 2006.