Alignement d'arbre généralisé - Generalized tree alignment

En phylogénétique computationnelle , l' alignement d'arbres généralisé est le problème de la production d'un alignement de séquences multiples et d'un arbre phylogénétique sur un ensemble de séquences simultanément, par opposition à séparément.

Formellement, l' alignement d'arbre généralisé est le problème d'optimisation suivant.

Entrée : un ensemble et une fonction d'édition de distance entre les séquences, ${\ displaystyle S}$${\ displaystyle d}$

Sortie : une feuille d' arbre étiquetée par et étiquetée avec des séquences aux nœuds internes, de sorte qu'elle soit minimisée, où est la distance d'édition entre les extrémités de . ${\ displaystyle T}$${\ displaystyle S}$${\ displaystyle \ Sigma _ {e \ in T} d (e)}$${\ displaystyle d (e)}$${\ displaystyle e}$

Notez que cela contraste avec l'alignement de l'arbre , où l'arbre est fourni en entrée.

Les références

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