Déinocoque–Thermus - Deinococcus–Thermus
Déinocoque-Thermus | |
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Classement scientifique | |
Domaine: | Bactéries |
Phylum: | Déinocoque-Thermus |
Classer: |
Déinocoques Garrity et Holt, 2002 |
Commandes & Familles | |
Synonymes | |
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Les Déinocoques-Thermus sont un phylum de bactéries d'un seul ordre, les Déinocoques , très résistantes aux risques environnementaux, également appelées extrêmophiles . Ces bactéries ont des parois cellulaires épaisses qui leur confèrent des taches gram-positives , mais elles comprennent une deuxième membrane et sont donc plus proches en structure de celles des bactéries gram-négatives . Cavalier-Smith appelle ce clade Hadobactéries (de Hadès , le monde souterrain grec ).
Taxonomie
Le phylum Déinocoque-Thermus se compose d'une seule classe ( Déinocoques ) et de deux ordres :
- Les Deinococcales comprennent deux familles ( Deinococcaceae et Trueperaceae ), avec trois genres, Deinococcus , Deinobacterium et Truepera . Truepera radiovictrix est le premier membre divergent de l'ordre. Au sein de l'ordre, Deinococcus forme un groupe monophylétique distinct par rapport aux espèces Deinobacterium et Truepera . Le genre comprend plusieurs espèces résistantes aux radiations; ils sont devenus célèbres pour leur capacité à manger des déchets nucléaires et autres matières toxiques, à survivre dans le vide de l'espace et à survivre aux extrêmes de chaleur et de froid.
- Les Thermales regroupent plusieurs genres résistants à la chaleur ( Marinithermus , Meiothermus , Oceanithermus , Thermus , Vulcanithermus , Rhabdothermus ) regroupés au sein d'une même famille, les Thermaceae . Les analyses phylogénétiques démontrent qu'au sein des espèces Thermales , Meiothermus et Thermus forment un groupe monophylétique, en ce qui concerne Marinithermus , Oceanithermus , Vulcanithermus et Rhabdothermus qui se ramifient comme des groupes externes au sein de l'ordre. Cela suggère que les espèces Meiothermus et Thermus sont plus étroitement liées les unes aux autres par rapport aux autres genres au sein de l'ordre. Thermus aquaticus a joué un rôle important dans le développement de la réaction en chaîne de la polymérase où des cycles répétés de chauffage de l'ADN à une température proche de l'ébullition rendent avantageux l'utilisation d'une enzyme ADN polymérase thermostable.
Bien que ces deux groupes aient évolué à partir d'un ancêtre commun, les deux mécanismes de résistance semblent être largement indépendants.
Signatures moléculaires
Des signatures moléculaires sous la forme d' indices de signature conservés (CSI) et de protéines (CSP) ont été trouvées qui sont uniquement partagées par tous les membres appartenant au phylum Deinococcus-Thermus . Ces CSI et CSP sont des caractéristiques distinctives qui délimitent le phylum unique de tous les autres organismes bactériens, et leur distribution exclusive est parallèle aux différences physiologiques observées. Les CSI et les CSP ont également été trouvés qui soutiennent l'ordre et les classements taxonomiques au niveau de la famille au sein du phylum. Certains des CSI trouvés pour soutenir les distinctions de niveau d'ordre sont censés jouer un rôle dans les caractéristiques extrêmophiles respectives . Les CSI trouvées dans la sous- unité bêta de l' ARN polymérase dirigée par l' ADN et l' ADN topoisomérase I chez les espèces Thermales peuvent être impliquées dans la thermophilie , tandis que celles trouvées dans l' excinucléase ABC, l' ADN gyrase et la protéine de réparation de l'ADN RadA chez les espèces Deinococcales peuvent être associées à la radiorésistance . Deux CSP qui ont été trouvées uniquement pour tous les membres appartenant au genre Deinococcus sont bien caractérisées et on pense qu'elles jouent un rôle dans leur phénotype radiorésistant caractéristique. Ces CSP comprennent la protéine de réparation des dommages à l'ADN PprA et la protéine de liaison à l'ADN simple brin DdrB.
De plus, certains genres de ce groupe, notamment Deinococcus , Thermus et Meiothermus , ont également des signatures moléculaires qui les distinguent en tant que genres individuels, y compris leurs espèces respectives, ce qui permet de les distinguer du reste du groupe et de toutes les autres bactéries. Des CSI ont également été trouvés spécifiques pour Truepera radiovictrix .
Phylogénie
La phylogénie est basée sur la version 123 de LTP basée sur l'ARNr 16S par le projet « The All-Species Living Tree » .
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Remarque :
Souches trouvées au National Center for Biotechnology Information (NCBI) mais non répertoriées dans la liste des noms procaryotes avec standing in Nomenclature (LSPN)
Taxonomie
La taxonomie actuellement acceptée est basée sur la liste des noms procaryotes avec le standing in Nomenclature (LPSN) et le National Center for Biotechnology Information (NCBI)
- Phylum Deinococcus - Thermus [Deinococcaeota Oren et al. 2015 ]
- Classe Deinocoques Garrity & Holt 2002 ["Hadobactéries" Cavalier-Smith 1992 éditer. Cavalier-Smith 1998 ; Hadobactéries Cavalier-Smith 2002 ; "Xénobactéries"]
- Commander Deinococcales Rainey et al. 1997
- Famille Deinococcaceae Brooks et Murray 1981 s'améliore. Rainey et al. 1997
- Genre Deinococcus Brooks et Murray 1981 amendé. Rainey et al. 1997
- Genre Deinobacterium Ekman et al. 2011
- Famille Trueperaceae Rainey et al. 2005
- Genre Truepera da Costa, Rainey et Albuquerque 2005
- Famille Deinococcaceae Brooks et Murray 1981 s'améliore. Rainey et al. 1997
- Commande Thermales Rainey et Da Costa 2002
- Famille Thermacées Da Costa et Rainey 2002
- Les genres Thermus Brock et Freeze 1969 sont modifiés. Nobre et al. 1996
- Genre Meiothermus Nobre et al. 1996 corrigé. Albuquerque et al. 2009
- Genre Marinithermus Sako et al. 2003
- Genre Oceanithermus Miroshnichenko et al. 2003 corrigé. Mori et al. 2004
- Genre Rhabdothermus Steinsbu et al. 2011
- Genre Vulcanithermus Miroshnichenko et al. 2003
- Famille Thermacées Da Costa et Rainey 2002
- Commander Deinococcales Rainey et al. 1997
- Classe Deinocoques Garrity & Holt 2002 ["Hadobactéries" Cavalier-Smith 1992 éditer. Cavalier-Smith 1998 ; Hadobactéries Cavalier-Smith 2002 ; "Xénobactéries"]
Génomes séquencés
Il existe actuellement 10 génomes de souches séquencés dans ce phylum.
- Déinocoque radiodurans R1
- Thermus thermophilus HB27
- Thermus thermophilus HB8
- Deinococcus geothermalis DSM 11300
- Deinococcus deserti VCD115
- Meiothermus ruber DSM 1279
- Meiothermus silvanus DSM 9946
- Radiovictrix Truepera DSM 17093
- Oceanithermus profundus DSM 14977
Les deux espèces de Meiothermus ont été séquencées sous les auspices du projet Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), qui vise à séquencer des organismes en fonction de la nouveauté phylogénétique et non de la pathogénicité ou de la notoriété. Actuellement, le génome de Thermus aquaticus Y51MC23 est en phase finale d'assemblage par le DOE Joint Genome Institute .