Le 9 février 1822, Jean-Pierre Boyer annexe les Espagnols à la colonie de Saint-Domingue , qui quelques mois auparavant avait proclamé son indépendance de l'Espagne (30 novembre 1821) sous le nom de La Republica del Haiti Español . Tentative de déclarer son alliance avec la Grande Colombie , le drapeau fut hissé dans les premières semaines de 1822, mais il fut de courte durée lorsque neuf semaines plus tard Boyer mit fin à la république.
Il a été développé à partir du drapeau haïtien et a été ajouté une croix blanche au centre. Dans la première version, 17 étoiles blanches placées verticalement le long du palan, deux étoiles blanches placées au-dessus et en dessous de la croix, respectivement, et 9 étoiles blanches placées verticalement le long du palan.
En 1861, le général Pedro Santana demande à la reine Isabelle II d'Espagne de reprendre le contrôle de la République dominicaine, après une période de seulement 17 ans d'indépendance. L'Espagne, qui n'avait pas accepté la perte de ses colonies américaines 30 ans plus tôt, accepta sa proposition et fit à nouveau du pays une colonie.
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