PhyloCode -PhyloCode

Le Code international de nomenclature phylogénétique , connu sous le nom de PhyloCode en abrégé, est un ensemble formel de règles régissant la nomenclature phylogénétique . Sa version actuelle est spécifiquement conçue pour réglementer la dénomination des clades , laissant la gouvernance des noms d' espèces aux codes de nomenclature basés sur le rang ( ICN , ICZN , ICNB , ICVCN ).

Le PhyloCode est associé à l' International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN). Le volume d'accompagnement, Phylonyms , établit 300 noms de taxons sous PhyloCode , servant d'exemples pour ceux qui ne connaissent pas le code. RegNum est une base de données en ligne associée pour les noms de clade enregistrés.

Le PhyloCode réglemente la nomenclature phylogénétique en fournissant des règles pour décider quelles associations de noms et de définitions sont considérées comme établies, lesquelles d'entre elles seront considérées comme des homonymes ou des synonymes, et laquelle parmi un ensemble de synonymes ou d'homonymes sera considérée comme acceptée (généralement celle enregistrée en premier ; voir ci-dessous). Le PhyloCode ne régit que la dénomination des clades , pas des groupes paraphylétiques ou polyphylétiques , et permet uniquement l'utilisation de spécimens , d' espèces et d' apomorphies comme spécificateurs (ancres).

Nomenclature phylogénétique

Contrairement aux codes nomenclaturaux à base de rangs ( ICN , ICZN , ICNB ), le PhyloCode n'exige pas l'utilisation de rangs , bien qu'il autorise éventuellement leur utilisation. Les codes basés sur le rang définissent les taxons en utilisant un rang (comme le genre , la famille , etc.) et, dans de nombreux cas, un spécimen type ou un sous-taxon type . Le contenu exact d'un taxon, autre que le type, n'est pas spécifié par les codes basés sur le rang.

En revanche, dans la nomenclature phylogénétique, le contenu des taxons est délimité à l'aide d'une définition basée sur la phylogénie (c.-à-d. ascendance et descendance) et utilise des spécificateurs (p. ex. espèces, spécimens, apomorphies) pour indiquer les organismes réels . La formule de la définition indique un ancêtre. Le taxon défini est donc cet ancêtre et tous ses descendants. Ainsi, le contenu d'un taxon défini phylogénétiquement repose sur une hypothèse phylogénétique.

Voici des exemples de types de définition phylogénétique (les lettres majuscules indiquent des spécificateurs) :

  • Basé sur les nœuds : "le clade originaire de l' ancêtre commun le plus récent de A et B" ou "le clade le moins inclusif contenant A et B"
  • Basé sur la branche : "le clade constitué de A et de tous les organismes ou espèces qui partagent un ancêtre commun plus récent avec A qu'avec Z" ou "le clade le plus inclusif contenant A mais pas Z." Un autre terme pour les définitions de ce type est basé sur la tige .
  • Basé sur l'apomorphie : "le clade originaire du premier organisme ou espèce à posséder l'apomorphie M héritée par A".

D' autres types de définition sont également possibles, en tenant compte non seulement des relations phylogénétiques organismes et apomorphies mais aussi si les organismes connexes sont ou non existant .

Le tableau suivant donne des exemples de définitions phylogénétiques de clades qui ont également des rangs dans la nomenclature traditionnelle. Lorsque tous les spécificateurs d'une définition basée sur les nœuds sont des spécimens ou des espèces existants, comme dans la définition suivante de Mammalia, un groupe de couronne est défini. (La définition traditionnelle de Mammalia est moins restrictive, y compris certains groupes de fossiles en dehors du groupe de la couronne.)

Nom Rang Taper Définition phylogénétique possible
Tyrannosauridae Famille Tyrannosaure
Osborn 1905
Clade le moins inclusif contenant Tyrannosaurus rex Osborn 1905, Gorgosaurus libratus Lambe 1914 et Albertosaurus sarcophagus Osborn 1905
Mammifères Classer N / A Clade provenant de l'ancêtre commun le plus récent des humains, Homo sapiens Linnaeus 1758, et des ornithorynques, Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799
Rodentia Commander N / A Clade le plus inclusif contenant la souris domestique, Mus musculus Linnaeus 1758, mais pas le lapin de l'Est, Sylvilagus floridanus Allen 1890
Néornithes
(oiseaux modernes)
Sous-classe N / A Clade originaire de l'ancêtre commun le plus récent des membres existants du clade le plus inclusif contenant le moineau domestique Passer domesticus Linnaeus 1758 mais pas le dinosaure Stegosaurus armatus Marsh 1887
Tétrapode Superclasse N / A Clade originaire du premier ancêtre dont Homo sapiens Linnaeus 1758 a hérité des membres avec les doigts ou les orteils

Versions

Le projet de PhyloCode a subi plusieurs révisions. Toutes les anciennes versions sont disponibles sur le site Web . En janvier 2020, la version actuelle est la 5, finalisée en janvier 2014 et publiée le 21 janvier 2019.

Organisation

Comme pour les autres codes nomenclaturaux, les règles du PhyloCode sont organisées en articles, eux-mêmes organisés en chapitres. Chaque article peut également contenir des notes, des exemples et des recommandations.

Table des matières

Base de données d'inscription

Une fois mis en œuvre, le PhyloCode sera associé à une base de données d' enregistrement , appelée RegNum , qui stockera tous les noms et définitions de clade qui seront considérés comme acceptables. On espère que cela fournira un outil utilisable par le public pour associer les noms de clade à des définitions, qui pourraient ensuite être associés à des ensembles de sous- taxons ou de spécimens via des bases de données d'arbres phylogénétiques (telles que TreeBASE ).

Comme actuellement prévu, cependant, l'utilisation la plus importante de RegNum sera la décision de savoir lequel parmi un certain nombre de synonymes ou d'homonymes sera considéré comme accepté : celui avec le numéro d'enregistrement le plus bas, sauf en cas de conservation.

Histoire

(Condensé de la Préface du PhyloCode .)

Le PhyloCode est né d'un atelier à l'Université Harvard en août 1998, où des décisions ont été prises concernant sa portée et son contenu. De nombreux participants à l'atelier, ainsi que plusieurs autres personnes qui ont par la suite rejoint le projet, ont servi de groupe consultatif. En avril 2000, une ébauche a été rendue publique sur le Web et des commentaires ont été sollicités auprès de la communauté scientifique.

Un deuxième atelier s'est tenu à l'Université de Yale en juillet 2002, au cours duquel quelques modifications ont été apportées aux règles et recommandations du PhyloCode . D'autres révisions ont également été apportées de temps à autre.

La première réunion internationale de nomenclature phylogénétique, qui s'est tenue du 6 au 9 juillet 2004 à Paris , en France , a réuni environ 70 biologistes systématiques et évolutionnistes de 11 pays. Il s'agissait de la première conférence ouverte de plusieurs jours entièrement consacrée à la nomenclature phylogénétique , et elle a permis l'inauguration d'une nouvelle association, l' International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN). Les membres de l'ISPN élisent le Comité sur la nomenclature phylogénétique (CPN), qui a repris le rôle du groupe consultatif qui a supervisé les premières étapes du développement du PhyloCode.

La deuxième réunion internationale de nomenclature phylogénétique a eu lieu du 28 juin 2006 au 2 juillet 2006 à l'Université de Yale ( New Haven , Connecticut , États-Unis).

La troisième réunion internationale de nomenclature phylogénétique a eu lieu du 21 juillet 2008 au 22 juillet 2008 à l'Université Dalhousie ( Halifax , Nouvelle-Écosse , Canada).

Le PhyloCode est entré en vigueur avec la publication du volume d'accompagnement, Phylonymes , en 2020.

Influences

Le fondement théorique du PhyloCode a été développé dans une série d'articles par de Queiroz et Gauthier , qui a été préfiguré par des suggestions antérieures selon lesquelles un nom de taxon pourrait être défini par référence à une partie d'un arbre phylogénétique .

Dans la mesure du possible, les rédacteurs du PhyloCode ont utilisé le projet de BioCode , qui a tenté d'unifier l'approche basée sur le classement en un seul code, comme modèle. Ainsi, l'organisation du PhyloCode , une partie de sa terminologie, et le libellé de certaines règles sont dérivés du BioCode . D'autres règles sont dérivées d'un ou plusieurs codes basés sur le rang, en particulier les codes botaniques et zoologiques. Cependant, de nombreuses règles du PhyloCode n'ont d'équivalent dans aucun code basé sur des rangs taxonomiques en raison de différences fondamentales dans les fondements définitionnels des systèmes alternatifs. A noter que le PhyloCode ne régit pas les noms d'espèces, dont les règles de disponibilité, de typification, etc., restent régies par le traditionnel Code de Nomenclature requis.

Futur

Le PhyloCode est controversé et a suscité de nombreuses critiques de la part de certains taxonomistes. Bien qu'inauguré il y a des décennies, le nombre de partisans de l'adoption généralisée du PhyloCode est encore faible et la publication de la littérature PhyloCode a stagné au milieu des années 2010. Bien que les phylonymes aient été publiés au printemps 2020, on ne sait toujours pas comment le code sera mis en œuvre et dans quelle mesure il sera suivi. Certains partisans pensent qu'il ne devrait être mis en œuvre, au moins dans un premier temps, qu'en tant qu'ensemble de règles accompagnant la base de données d'enregistrement associée, RegNum , et que l'acceptation par la communauté scientifique peut provenir de la vulgarisation de RegNum en tant qu'utilitaire pour trouver des noms de clade et définitions.

Une liste des critiques publiées du PhyloCode peut être trouvée sur le site Web de l' ISPN , de même qu'une liste de réfutations.

Les références

Littérature

Liens externes