Salmonella enterica subsp. entérique -Salmonella enterica subsp. enterica

Salmonella enterica subsp. enterique
Salmonella enterica sérovar typhimurium 01.jpg
Colonies de Salmonella Typhimurium sur une plaque de gélose entérique Hektoen
Classement scientifique Éditer
Domaine: Bactéries
Phylum: Protéobactéries
Classer: Gammaprotéobactéries
Commander: Entérobactéries
Famille: Entérobactéries
Genre: Salmonelle
Espèce:
Sous-espèces :
S. e. subsp. enterique
Nom trinôme
Salmonella enterica subsp. enterique

Salmonella enterica subsp. enterica est une sous - espèce de Salmonella enterica , la formetige, flagellé , aérobie, Gram-négatif bactérie . De nombreux sérovars pathogènesde l'espèce S. enterica appartiennent à cette sous-espèce, y compris celui responsable de la typhoïde .

Sérovars

S. enterica subsp. enterica contient un grand nombre de sérovars qui peuvent infecter une large gamme d' hôtes vertébrés . Les membres individuels vont d'être hautement adaptés à l'hôte (seulement capables d'infecter une gamme étroite d'espèces) à afficher une large gamme d'hôtes. Un certain nombre de techniques sont actuellement utilisées pour différencier les sérotypes . Ceux-ci incluent la recherche de la présence ou de l'absence d' antigènes , la lysotypie , les empreintes moléculaires et le biotypage, où les sérotypes sont différenciés par quels nutriments ils sont capables de fermenter. Un facteur possible dans la détermination de la gamme d'hôtes de sérovars particuliers est l'acquisition médiée par les phages d'un petit nombre d'éléments génétiques qui permettent l'infection d'un hôte particulier. Il est en outre postulé que les sérovars qui infectent une gamme étroite d'espèces ont divergé des ancêtres avec une large gamme d'hôtes, et se sont depuis spécialisés et ont perdu la capacité d'infecter certains hôtes.

Une sélection de sérovars, avec des hôtes connus répertoriés. Puisqu'il existe plus de 2500 sérovars de Salmonella enterica subsp. enterica , cette liste est incomplète.

Serovar Espèce hôte
Salmonella choleraesuis Porc
Salmonelle Dublin Bovins
Salmonella Enteritidis Humains, rongeurs, galliformes
Salmonelle Gallinarum Galliformes
Salmonelle Hadar Humains, galliformes, lapins
Salmonelle Heidelberg Humains, galliformes, porcs
Salmonelle infantile Humains, volailles
Salmonelle Paratyphi Humains
Salmonelle Typhi Humains
Salmonelle Typhimurium Humains, bovins, porcs, moutons, chevaux, rongeurs, galliformes

Une étude des données de 37 pays recueillies entre 2001 et 2007 a révélé que le sérovar de Salmonella le plus commun isolé à partir de cas humains était Enteritidis, trouvé dans une moyenne de 43,5% des cas, suivi de Typhimurium (17,1% des cas), Newport (3,5 %), Infantis (1,8 %), Virchow (1,5 %), Hadar (1,5 %) et Agona (0,8 %).

Une souche de Salmonella qui a récemment fait son apparition aux États-Unis est S. enterica ser. Javanaise. "Une épidémie s'est produite en 2002, il y a eu 141 cas qui se sont produits parmi les participants des US Transplant Games. Sur les 141 cas, la plupart des cas étaient soit des receveurs de greffe (34%) soit des personnes recevant un traitement immunosuppresseur (32%)" . Il existe un nombre croissant de sérotypes de Salmonella multirésistants (MDR), qui ont été identifiés par le Système national de surveillance de la résistance aux antimicrobiens du CDC . « Salmonella Javiana [ sic ] est à l'origine de 4 % des infections à Salmonella non typhiques aux États-Unis chaque année. »

En novembre 2016, une nouvelle souche de Salmonella enterica sérovar Typhi ultrarésistante aux médicaments (XDR) est apparue au Pakistan, principalement dans les villes d' Hyderabad et de Karachi . Des souches multirésistantes sont présentes depuis la fin des années 1970 en Afrique et en Asie. Ces souches XDR sont résistantes à toutes les options de traitement antibiotique : chloramphénicol , ampicilline , triméthoprime-sulfaméthoxazole , fluoroquinolones et céphalosporines de troisième génération . L'épidémie dure depuis 2016.

Métabolisme

Les preuves génétiques suggèrent que les sérovars peuvent être divisés en deux groupes - l'un qui provoque une infection entérique et a un large répertoire de capacités métaboliques, et l'autre qui provoque généralement une infection invasive, souvent dans une gamme étroite d'hôtes, et montre une dégradation des voies métaboliques anaérobies . On pense que ces capacités métaboliques sont importantes pour obtenir des nutriments dans un environnement intestinal enflammé difficile et limité en nutriments.

Nomenclature

Les sérotypes peuvent être désignés intégralement ou sous une forme abrégée. La forme abrégée énumère le genre, Salmonella , qui est suivi du sérovar en majuscules et non en italique, par exemple Salmonella Typhi alors que la désignation complète de Salmonella Typhi est Salmonella enterica subsp. enterica sérovar Typhi. Chaque sérovar peut également avoir de nombreuses souches, ce qui permet une augmentation rapide du nombre total de bactéries antigéniquement variables .

Épidémiologie

Des souches invasives de Salmonella non typhiques , telles que Salmonella Typhimurium ST313, ont récemment été étiquetées comme étant à l'origine de maladies émergentes en Afrique. Les principales déficiences immunitaires de l' hôte associées au VIH , au paludisme et à la malnutrition ont contribué à une large propagation de cette maladie et à la nécessité d'utiliser des médicaments antimicrobiens coûteux dans les services de santé les plus pauvres du monde. Mais il a également été démontré que des facteurs bactériens, tels que l'activité régulée à la hausse du gène de virulence pgtE , en raison d'un polymorphisme nucléotidique unique (SNP) dans sa région promotrice, ont un impact important sur la pathogenèse de ce type de séquence particulier de Salmonella .

Les références