Type (biologie) -Type (biology)

En biologie, un type est un spécimen particulier (ou dans certains cas un groupe de spécimens) d'un organisme auquel le nom scientifique de cet organisme est formellement attaché. En d'autres termes, un type est un exemple qui sert à ancrer ou à centraliser les caractéristiques déterminantes de ce taxon particulier . Dans un usage plus ancien (avant 1900 en botanique), un type était un taxon plutôt qu'un spécimen.

Un taxon est un groupement nommé scientifiquement d'organismes avec d'autres organismes similaires, un ensemble qui inclut certains organismes et en exclut d'autres, basé sur une description publiée détaillée (par exemple une description d'espèce ) et sur la fourniture de matériel type, qui est généralement disponible pour scientifiques pour examen dans une grande collection de recherche de musée ou une institution similaire.

Spécimen type

Selon un ensemble précis de règles établies dans le Code international de nomenclature zoologique (ICZN) et le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (ICN), le nom scientifique de chaque taxon est presque toujours basé sur un spécimen particulier , ou dans certains cas des spécimens. Les types sont d'une grande importance pour les biologistes, en particulier pour les taxonomistes . Les types sont généralement des spécimens physiques qui sont conservés dans une collection de recherche de musée ou d' herbier , mais à défaut, une image d'un individu de ce taxon a parfois été désignée comme un type. La description des espèces et la désignation des spécimens types font partie de la nomenclature scientifique et de la taxonomie alpha .

Lors de l'identification d'un matériel, un scientifique tente d'appliquer un nom de taxon à un spécimen ou à un groupe de spécimens sur la base de sa compréhension des taxons pertinents, sur la base (au moins) de la lecture de la ou des descriptions de type, de préférence également sur la base d'un examen de tout le matériel type de tous les taxons pertinents. S'il y a plus d'un type nommé qui semblent tous appartenir au même taxon, alors le nom le plus ancien a priorité et est considéré comme le nom correct du matériel en question. Si d'autre part le taxon semble n'avoir jamais été nommé du tout, alors le scientifique ou un autre expert qualifié choisit un spécimen type et publie un nouveau nom et une description officielle.

Ce processus est crucial pour la taxonomie biologique . Les idées des gens sur la façon dont les êtres vivants devraient être regroupés changent avec le temps. Comment savons-nous que ce que nous appelons « Canis lupus » est la même chose, ou à peu près la même chose, que ce qu'ils appelleront « Canis lupus » dans 200 ans ? Il est possible de vérifier cela car il existe un spécimen de loup particulier conservé en Suède et tous ceux qui utilisent ce nom - peu importe ce qu'ils veulent dire par ailleurs - incluront ce spécimen particulier.

Selon le code de nomenclature appliqué à l'organisme en question, un type peut être un spécimen, une culture, une illustration ou (sous le code bactériologique) une description. Certains codes considèrent qu'un taxon subordonné est le type, mais selon le code botanique, le type est toujours un spécimen ou une illustration.

Par exemple, dans la collection de recherche du Natural History Museum de Londres, il existe un spécimen d'oiseau numéroté 1886.6.24.20. Il s'agit d'un spécimen d'une espèce d'oiseau communément appelée busard tacheté , qui porte actuellement le nom scientifique de Circus assimilis . Ce spécimen particulier est l' holotype de cette espèce; le nom Circus assimilis fait référence, par définition, à l'espèce de ce spécimen particulier. Cette espèce a été nommée et décrite par Jardine et Selby en 1828, et l'holotype a été placé dans la collection du musée afin que d'autres scientifiques puissent s'y référer si nécessaire.

Notez qu'au moins pour les spécimens types, il n'est pas nécessaire d'utiliser un individu "typique". Les genres et les familles , en particulier ceux établis par les premiers taxonomistes, ont tendance à être nommés d'après des espèces qui leur sont plus "typiques", mais ici aussi ce n'est pas toujours le cas et, en raison de changements dans la systématique , cela ne peut pas être le cas. Par conséquent, le terme type portant un nom ou onomatophore est parfois utilisé pour désigner le fait que les types biologiques ne définissent pas des individus ou des taxons "typiques" , mais fixent plutôt un nom scientifique à une unité taxonomique opérationnelle spécifique . Les spécimens types sont même théoriquement autorisés à être des individus aberrants ou déformés ou des variations de couleur, bien que cela soit rarement choisi comme étant le cas, car il est difficile de déterminer à quelle population l'individu appartenait.

L'utilisation du terme type est quelque peu compliquée par des utilisations légèrement différentes en botanique et en zoologie . Dans le PhyloCode , les définitions basées sur les types sont remplacées par des définitions phylogénétiques .

Ancienne terminologie

Dans certains ouvrages taxonomiques plus anciens, le mot «type» a parfois été utilisé différemment. La signification était similaire dans les premières Lois de nomenclature botanique , mais a une signification plus proche du terme taxon dans certains autres ouvrages :

Ce seul caractère permet de distinguer ce type de toutes les autres espèces de la section. … Après avoir étudié ces diverses formes, j'en arrive à les considérer comme appartenant à un seul et même type spécifique.

Traduction : Ce caractère unique permet [de] distinguer ce type de toutes les autres espèces de la section... Après avoir étudié les diverses formes, j'en suis venu à les considérer comme appartenant à un seul et même type spécifique.

En botanique

Dans la nomenclature botanique , un type ( typus , type nomenclatural ), "est cet élément auquel le nom d'un taxon est attaché en permanence". (article 7.2) En botanique, un type est soit un spécimen, soit une illustration. Un spécimen est une vraie plante (ou une ou plusieurs parties d'une plante ou un lot de petites plantes), morte et conservée en lieu sûr, "conservée", dans un herbier (ou l'équivalent pour les champignons). Voici des exemples où une illustration peut servir de type :

  • Un dessin détaillé, une peinture, etc., représentant la plante, depuis les premiers jours de la taxonomie végétale. Une plante séchée était difficile à transporter et difficile à conserver pour l'avenir ; de nombreux spécimens des premiers jours de la botanique ont depuis été perdus ou endommagés. Des artistes botaniques hautement qualifiés étaient parfois employés par un botaniste pour réaliser une illustration fidèle et détaillée. Certaines de ces illustrations sont devenues le meilleur enregistrement et ont été choisies pour servir de type de taxon.
  • Une image détaillée de quelque chose qui ne peut être vu qu'au microscope . Une petite "plante" sur une lame de microscope est un mauvais type : la lame de microscope peut être perdue ou endommagée, ou il peut être très difficile de trouver la "plante" en question parmi tout ce qui se trouve sur la lame de microscope. Une illustration donne un type beaucoup plus fiable (Art 37.5 du Code de Vienne , 2006).

Notez qu'un type ne détermine pas la circonscription du taxon. Par exemple, le pissenlit commun est un taxon controversé : certains botanistes le considèrent comme composé de plus d'une centaine d'espèces, et d'autres le considèrent comme une seule espèce. Le type du nom Taraxacum officinale est le même que la circonscription de l'espèce comprenne toutes ces petites espèces ( Taraxacum officinale est une "grande" espèce) ou que la circonscription se limite à une seule petite espèce parmi les cent autres ( Taraxacum officinale est une "petite" espèce). Le nom Taraxacum officinale est le même et le type du nom est le même, mais l'étendue de ce à quoi le nom s'applique réellement varie considérablement. La définition de la circonscription d'un taxon est effectuée par un taxonomiste dans une publication.

Remarques diverses :

  1. Seul une espèce ou un taxon infraspécifique peut avoir un type qui lui est propre. Pour la plupart des nouveaux taxons (publiés le 1er janvier 2007 ou après, article 37) à ces rangs, un type ne doit pas être une illustration.
  2. Un genre a le même type que celui d'une de ses espèces (article 10).
  3. Une famille a le même type que celle de l'un de ses genres (article 10).

L' ICN fournit une liste des différentes sortes de type (article 9 et le glossaire), dont le plus important est l'holotype. Ceux-ci sont

  • holotype - le spécimen unique ou l'illustration que le ou les auteurs ont clairement indiqué comme étant le type nomenclatural d'un nom
  • lectotype - un spécimen ou une illustration désigné à partir du matériel original comme le type nomenclatural lorsqu'aucun holotype n'était spécifié ou que l'holotype a été perdu ou détruit
  • isotype - un doublon de l'holotype
  • syntype - tout spécimen (ou illustration) cité dans la description originale lorsqu'il n'y a pas d'holotype, ou l'un de deux ou plusieurs spécimens simultanément désignés comme types
  • paratype - tout spécimen (ou illustration) cité dans la description originale qui n'est ni l'holotype ni un isotype, ni l'un des syntypes
  • néotype - un spécimen ou une illustration sélectionné pour servir de type nomenclatural si aucun élément de la description originale n'est disponible
  • épitype - un spécimen ou une illustration sélectionné pour servir de type interprétatif, généralement lorsqu'un autre type de type ne présente pas les caractéristiques critiques nécessaires à l'identification

Notez que le mot « type » apparaît dans la littérature botanique comme faisant partie de certains termes plus anciens qui n'ont aucun statut au titre de la CIN : par exemple un clonotype.

En zoologie

Un papillon à ailes fines , Jamides elioti :
1) face dorsale et 2) face ventrale de l'holotype,
3) face dorsale et 4) face ventrale du paratype

Dans la nomenclature zoologique , le type d'une espèce ou d'une sous-espèce est un spécimen ou une série de spécimens. Le type d'un genre ou d'un sous-genre est une espèce. Le type d'un taxon supragénérique (par exemple, famille, etc.) est un genre. Les noms supérieurs au rang de la superfamille n'ont pas de types. Un "type portant un nom" est un spécimen ou une image qui "fournit la norme de référence objective par laquelle l'application du nom d'un taxon nominal peut être déterminée".

Définitions

  • Un spécimen type est un terme vernaculaire (pas un terme formellement défini) généralement utilisé pour un individu ou un fossile qui est l'un des différents types portant le nom d'une espèce . Par exemple, le spécimen type pour l'espèce Homo neanderthalensis était le spécimen "Neanderthal-1" découvert par Johann Karl Fuhlrott en 1856 à Feldhofer dans la vallée de Neander en Allemagne, composé d'une calotte , des fémurs, d'une partie d'un bassin, de quelques côtes , et certains os des bras et des épaules. Il peut y avoir plus d'un spécimen type, mais il n'y a (au moins à l'époque moderne) qu'un seul holotype.
  • Une espèce type est l' espèce nominale qui est le type portant le nom d'un genre ou d'un sous- genre nominal .
  • Un genre type est le genre nominal qui est le type portant le nom d'un taxon nominal du groupe familial.
  • Les séries types sont tous les spécimens inclus par l'auteur dans la description formelle d'un taxon, à moins que l'auteur ne les exclue explicitement ou implicitement comme faisant partie de la série.

Utilisation de spécimens types

Illustration type de Mormopterus acetabulosus

Bien qu'en réalité les biologistes puissent examiner de nombreux spécimens (lorsqu'ils sont disponibles) d'un nouveau taxon avant de rédiger une description officielle publiée de l'espèce, néanmoins, en vertu des règles formelles de dénomination des espèces (le Code international de nomenclature zoologique), un seul type doit être désigné, comme partie de la description publiée.

Une description de type doit inclure un diagnostic (généralement, une discussion des similitudes et des différences avec des espèces étroitement apparentées) et une indication de l'endroit où le ou les spécimens types sont déposés pour examen. L'emplacement géographique où un spécimen type a été trouvé à l'origine est connu sous le nom de localité type . Dans le cas des parasites, le termehôte type (ou symbiotype) est utilisé pour indiquer l'organisme hôte à partir duquel le spécimen type a été obtenu.

Les collections zoologiques sont conservées par les universités et les musées. Veiller à ce que les types soient maintenus en bon état et mis à disposition pour examen par les taxonomistes sont deux fonctions importantes de ces collections. Et, bien qu'il n'y ait qu'un seul holotype désigné, il peut y avoir d'autres spécimens "types", dont les suivants sont formellement définis :

Holotype

Lorsqu'un seul spécimen est clairement désigné dans la description originale, ce spécimen est connu comme l' holotype de cette espèce. L'holotype est généralement placé dans un grand musée ou une collection publique bien connue similaire, de sorte qu'il est librement disponible pour un examen ultérieur par d'autres biologistes.

Paratype

Lorsque la description originale désigne un holotype, il peut y avoir des spécimens supplémentaires que l'auteur désigne comme représentants supplémentaires de la même espèce, appelés paratypes. Ce ne sont pas des types portant un nom .

Allotype

Un allotype est un spécimen du sexe opposé à l'holotype, désigné parmi les paratypes. Le mot était également utilisé autrefois pour un spécimen qui présente des caractéristiques non vues dans l'holotype d'un fossile. Le terme n'est pas réglementé par l ' ICZN .

Néotype

Un néotype est un spécimen sélectionné ultérieurement pour servir de spécimen type unique lorsqu'un holotype original a été perdu ou détruit ou lorsque l'auteur original n'a jamais cité de spécimen.

Syntype

Un syntype est l'un quelconque de deux ou plusieurs spécimens répertoriés dans une description d'espèce où aucun holotype n'a été désigné; historiquement, les syntypes étaient souvent explicitement désignés comme tels, et sous l'actuelle ICZN, c'est une exigence, mais les tentatives modernes de publication de descriptions d'espèces basées sur des syntypes sont généralement mal vues par les taxonomistes en exercice, et la plupart sont progressivement remplacées par des lectotypes. Ceux qui existent encore sont toujours considérés comme des types portant un nom.

Lectotype

Un lectotype est un spécimen sélectionné plus tard pour servir de spécimen type unique pour les espèces décrites à l'origine à partir d'un ensemble de syntypes . En zoologie, un lectotype est une sorte de type portant un nom . Lorsqu'une espèce a été décrite à l'origine sur la base d'un type portant un nom composé de plusieurs spécimens, l'un d'entre eux peut être désigné comme lectotype. Le fait d'avoir un seul type portant un nom réduit le risque de confusion, d'autant plus qu'il n'est pas rare qu'une série de syntypes contienne des spécimens de plus d'une espèce.

Un exemple notable est la suggestion selon laquelle Carl Linnaeus devrait constituer le lectotype de l'espèce Homo sapiens .

Paralectotype

Un paralectotype est tout spécimen supplémentaire parmi un ensemble de syntypes, après qu'un lectotype a été désigné parmi eux. Ce ne sont pas des types portant un nom.

Hapantotype

Un cas particulier chez les Protistans où le type se compose de deux spécimens ou plus d '«individus directement liés représentant des étapes distinctes du cycle de vie»; ceux-ci sont traités collectivement comme une seule entité et les lectotypes ne peuvent être désignés parmi eux.

Iconotype

Une illustration sur laquelle une nouvelle espèce ou sous-espèce était basée. Par exemple, le python birman, Python bivittatus , est l'une des nombreuses espèces basées sur des illustrations d' Albertus Seba (1734).

Ergatotype

Un ergatotype est un spécimen sélectionné pour représenter un membre ouvrier chez les hyménoptères qui ont des castes polymorphes.

Alternatives aux spécimens conservés

Des illustrations de type ont également été utilisées par les zoologistes, comme dans le cas de la perruche de la Réunion , qui n'est connue que par des illustrations et des descriptions historiques.

Récemment, certaines espèces ont été décrites où le spécimen type a été relâché vivant dans la nature, comme le boubou Bulo Burti (une pie- grièche ), décrit comme Laniarius liberatus , dans lequel la description de l'espèce comprenait des séquences d'ADN provenant d'échantillons de sang et de plumes. En supposant qu'il n'y ait pas de question future quant au statut d'une telle espèce, l'absence d'un spécimen type n'invalide pas le nom, mais il peut être nécessaire à l'avenir de désigner un néotype pour un tel taxon, si des questions se posent. Cependant, dans le cas de la migratrice, les ornithologues ont fait valoir que le spécimen était une forme de couleur rare et jusqu'alors inconnue d'une espèce connue depuis longtemps, en utilisant uniquement les échantillons de sang et de plumes disponibles. Bien qu'il y ait encore un débat sur la nécessité de déposer les individus réellement tués en tant que spécimens types, on peut observer qu'avec une vérification et un stockage appropriés, les échantillons de tissus peuvent être tout aussi précieux en cas de litige sur la validité d'une espèce.

Formalisation du système de types

Les différents types énumérés ci-dessus sont nécessaires car de nombreuses espèces ont été décrites il y a un ou deux siècles, alors qu'un seul spécimen type, un holotype, n'était souvent pas désigné. De plus, les types n'étaient pas toujours soigneusement préservés et des événements intermédiaires tels que des guerres et des incendies ont entraîné la destruction du matériel typographique d'origine. La validité d'un nom d'espèce repose souvent sur la disponibilité de spécimens types originaux; ou, si le type est introuvable, ou n'a jamais existé, sur la clarté de la description.

L'ICZN n'existe que depuis 1961, date à laquelle la première édition du Code a été publiée. L'ICZN n'exige pas toujours un spécimen type pour la validité historique d'une espèce, et de nombreuses espèces «sans type» existent. L'édition actuelle du Code, l'article 75.3, interdit la désignation d'un néotype à moins qu'il n'y ait "un besoin exceptionnel" de "clarifier le statut taxonomique" d'une espèce (article 75.2).

Il existe de nombreuses autres permutations et variations sur les termes utilisant le suffixe "-type" (par exemple, allotype , cotype , topotype , généritype , isotype , isonéotype , isolectotype , etc.) mais ceux-ci ne sont pas formellement réglementés par le Code, et un grand nombre sont obsolètes et/ou idiosyncratiques. Cependant, certaines de ces catégories peuvent potentiellement s'appliquer à des spécimens types authentiques, comme un néotype ; par exemple, les spécimens isotypiques/topotypiques sont préférés aux autres spécimens, lorsqu'ils sont disponibles au moment où un néotype est choisi (parce qu'ils proviennent de la même époque et/ou du même lieu que le type d'origine).

Le terme fixation est utilisé par le Code pour la déclaration d'un type nominatif, que ce soit par désignation primitive ou postérieure.

Espèce type

Le crapaud commun , Bufo bufo décrit par Linnaeus , est l'espèce type du genre Bufo

Chaque genre doit avoir une espèce type désignée (le terme "génotype" était autrefois utilisé pour cela mais a été abandonné car le mot est devenu beaucoup plus connu comme le terme désignant un concept différent en génétique ). La description d'un genre est généralement basée principalement sur son espèce type, modifiée et élargie par les caractéristiques des autres espèces incluses. Le nom générique est associé en permanence au type porte-nom de son espèce-type.

Idéalement, une espèce type illustre le mieux les caractéristiques essentielles du genre auquel elle appartient, mais cela est subjectif et, en fin de compte, techniquement non pertinent, car ce n'est pas une exigence du Code. Si l'espèce type s'avère, après un examen plus approfondi, appartenir à un genre préexistant (ce qui est courant), alors toutes les espèces constitutives doivent être soit déplacées dans le genre préexistant, soit dissociées de l'espèce type d'origine et données un nouveau nom générique ; l'ancien nom générique passe en synonymie et est abandonné sauf dérogation impérieuse (décidée au cas par cas, par requête auprès de la Commission Internationale de Nomenclature Zoologique).

Tapez le genre

Un genre type est le genre à partir duquel le nom d'une famille ou d'une sous-famille est formé. Comme pour les espèces types, le genre type n'est pas nécessairement le plus représentatif, mais il s'agit généralement du genre le plus ancien, le plus grand ou le mieux connu. Il n'est pas rare que le nom d'une famille soit basé sur le nom d'un genre type qui est passé en synonymie ; le nom de famille n'a pas besoin d'être changé dans une telle situation.

Voir également

Références

Liens externes