La maison-mère Volaris a annoncé la création de Volaris Costa Rica en mars 2016, date à laquelle la filiale approchait déjà de la fin de la certification auprès des autorités costariciennes. Volaris a confirmé en novembre 2016 que sa filiale costaricienne avait obtenu son certificat de transporteur aérien . Volaris Costa Rica a effectué son premier vol – de sa base de San José à Guatemala City – le 30 novembre 2016, en utilisant un Airbus A320 loué avec équipage à Volaris. Le premier domaine d'intérêt de la compagnie aérienne est les vols en Amérique centrale.
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