Motif Asx - Asx motif

Le motif Asx est une caractéristique courante dans les protéines et les polypeptides . Il se compose de quatre ou cinq résidus d' acides aminés avec soit l' aspartate soit l' asparagine comme premier résidu (résidu i). Il est défini par deux liaisons hydrogène internes . L'un est entre la chaîne latérale oxygène du résidu i et la chaîne principale NH du résidu i + 2 ou i + 3; l'autre se situe entre la chaîne principale oxygène du résidu i et la chaîne principale NH du résidu i + 3 ou i + 4. Les motifs Asx se produisent couramment dans les protéines et les polypeptides.

Motif Asx. L'image montre un pentapeptide avec un aspartate N-terminal qui forme deux liaisons hydrogène avec des acides aminés devant lui. À l'exception de l'aspartate, seuls les atomes de la chaîne principale sont indiqués. Les atomes d'hydrogène sont omis. Carbone gris, oxygène rouge et azote bleu. La liaison hydrogène chaîne principale - chaîne principale est en rouge et la chaîne latérale - liaison hydrogène chaîne principale (qui forme également un tour Asx ) est en pointillé gris.

Lorsque l'une des liaisons hydrogène est entre la chaîne principale oxygène du résidu i et la chaîne latérale NH du résidu i + 3, le motif incorpore un tour bêta . Lorsque l'une des liaisons hydrogène est entre l'oxygène de la chaîne latérale du résidu i et la chaîne principale NH du résidu i + 2, le motif incorpore un tour Asx .

Comme pour les tours Asx , une proportion significative de motifs Asx se produit à l' extrémité N-terminale d'une hélice alpha avec l'Asx comme résidu N cap . Les motifs Asx ont donc souvent été décrits comme des caractéristiques de coiffage en hélice.

Un motif apparenté est le motif ST qui a la sérine ou la thréonine comme premier résidu.

Les références

Liens externes

• Protéines motivées: [1]
• PDBeMotif [2] .