Ordre de ramification des phylums bactériens (Genome Taxonomy Database, 2018) - Branching order of bacterial phyla (Genome Taxonomy Database, 2018)
Il existe plusieurs modèles de l' ordre de ramification des phylums bactériens , l'un d'eux est la base de données de taxonomie génomique (GTDB).
La GTDB est une initiative visant à établir une taxonomie microbienne normalisée basée sur la phylogénie du génome, principalement financée par une bourse de recherche lauréate du Conseil australien de la recherche. Les génomes utilisés pour construire la phylogénie sont obtenus à partir de RefSeq et Genbank , et les versions de GTDB sont indexées sur les versions de RefSeq , à partir de la version 76. De manière importante et de plus en plus, cet ensemble de données comprend des projets de génomes de micro-organismes non cultivés obtenus à partir de métagénomes et de cellules individuelles, garantissant une génomique améliorée représentation du monde microbien. Tous les génomes sont contrôlés de manière indépendante à l'aide de CheckM avant d'être inclus dans GTDB.
La taxonomie GTDB est basée sur des arbres génomiques déduits avec FastTree à partir d'un ensemble concaténé aligné de 120 protéines marqueurs à copie unique pour les bactéries, et avec IQ-TREE à partir d'un ensemble concaténé de 122 protéines marqueurs pour les archées. Des ensembles de marqueurs supplémentaires sont également utilisés pour valider les topologies d'arbres, y compris les protéines ribosomales concaténées et les gènes d'ARN ribosomique.
La taxonomie du National Center for Biotechnology Information (NCBI) a été initialement utilisée pour décorer l'arbre du génome via tax2tree. La taxonomie Greengenes basée sur l'ARNr 16S est utilisée pour compléter la taxonomie en particulier dans les régions de l'arbre sans représentants cultivés. La liste des noms procaryotes classés dans la nomenclature (LPSN) est utilisée comme principale autorité taxonomique pour établir les priorités de dénomination. Les classements taxonomiques sont normalisés à l'aide de phylorank et la taxonomie est organisée manuellement pour supprimer les groupes polyphylétiques.
Phylogénie
Cladogram a été tiré du site Web Annotree , qui utilise la version GTDB 05-RS95 (17 juillet 2020).
| Archée |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Les bactéries |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Voir également
- Ordre de ramification des phylums bactériens (Woese, 1987)
- Ordre de ramification des phylums bactériens (Rappe et Giovanoni, 2003)
- Ordre de ramification des phylums bactériens après ARB Silva Living Tree
- Ordre de ramification des phylums bactériens (Ciccarelli et al., 2006)
- Ordre de ramification des phylums bactériens (Battistuzzi et al., 2004)
- Ordre de ramification des phylums bactériens (Gupta, 2001)
- Ordre de ramification des phylums bactériens (Cavalier-Smith, 2002)