Petite sous-unité ribosomique eucaryote (40S) - Eukaryotic small ribosomal subunit (40S)
La petite sous-unité ribosomique eucaryote ( 40S ) est la plus petite sous-unité des ribosomes eucaryotes 80S , l'autre composant majeur étant la grande sous-unité ribosomique (60S) . Les noms "40S" et "60S" proviennent de la convention selon laquelle les particules ribosomiques sont désignées en fonction de leurs coefficients de sédimentation en unités Svedberg . Il est structurellement et fonctionnellement lié à la sous-unité 30S des ribosomes procaryotes 70S . Cependant, la sous-unité 40S est beaucoup plus grande que la sous-unité procaryote 30S et contient de nombreux segments protéiques supplémentaires, ainsi que des segments d'expansion d'ARNr.
Fonction
La sous-unité 40S contient le centre de décodage qui surveille la complémentarité de l'ARNt et de l'ARNm dans la traduction des protéines. C'est le composant le plus important de plusieurs complexes d'initiation de la traduction, y compris les complexes de préinitiation 43S et 48S (PIC), étant liés par plusieurs facteurs d'initiation eucaryotes , notamment eIF1 , eIF1A et eIF3 . La sous-unité ribosomique 40S est également étroitement liée par l' IRES du VHC pour former un complexe binaire médié par les interactions protéine-ARNm et ARNr-ARNm. Plus d'informations peuvent être trouvées dans les articles sur le ribosome , le ribosome eucaryote (80S) et l'article sur la traduction des protéines .
Structure globale
La forme de la petite sous-unité peut être subdivisée en deux grands segments, la tête et le corps. Les caractéristiques du corps comprennent les pieds gauche et droit, l'épaule et la plate-forme. La tête présente une saillie pointue qui rappelle le bec d'un oiseau. L'ARNm se lie dans la fente entre la tête et le corps, et il existe trois sites de liaison pour l' ARNt , le site A, le site P et le site E (voir l'article sur la traduction des protéines pour plus de détails). Le noyau de la sous-unité 40S est formé par l' ARN ribosomique 18S (en abrégé ARNr 18S), qui est homologue à l' ARNr 16S procaryote . Ce noyau d'ARNr est décoré de dizaines de protéines. Dans la figure « Structure cristalline de la sous-unité ribosomique eucaryote 40S de T. thermophila », le noyau d'ARN ribosomique est représenté par un tube gris et les segments d'expansion sont indiqués en rouge. Les protéines qui ont des homologues chez les eucaryotes, les archées et les bactéries sont représentées par des rubans bleus. Les protéines partagées uniquement entre les eucaryotes et les archées sont représentées par des rubans orange et les protéines spécifiques aux eucaryotes sont représentées par des rubans rouges.
Protéines ribosomiques 40S
Le tableau « Protéines ribosomiques 40S » montre les replis protéiques individuels de la sous-unité 40S colorée par conservation. Les protéines qui ont des homologues chez les eucaryotes, les archées et les bactéries (EAB) sont représentées par des rubans bleus. Les protéines partagées uniquement entre les eucaryotes et les archées (EA) sont représentées par des rubans orange et les protéines spécifiques aux eucaryotes (E) sont représentées par des rubans rouges. Les extensions spécifiques aux eucaryotes des protéines conservées, allant de quelques résidus ou boucles à de très longues hélices alpha et des domaines supplémentaires, sont surlignées en rouge. Pour plus de détails, reportez-vous à l'article sur le ribosome eucaryote . Historiquement, différentes nomenclatures ont été utilisées pour les protéines ribosomiques. Par exemple, les protéines ont été numérotées en fonction de leurs propriétés de migration dans des expériences d'électrophorèse sur gel. Par conséquent, des noms différents peuvent faire référence à des protéines homologues d'organismes différents, tandis que des noms identiques ne désignent pas nécessairement des protéines homologues. Le tableau « Protéines ribosomiques 40S » croise les noms des protéines ribosomiques humaines avec des homologues de levure, bactériens et archéens. De plus amples informations peuvent être trouvées dans la base de données des gènes des protéines ribosomiques (RPG) .
| Structure (Eucaryote) | H. sapiens | Nom universel | Préservation | S. cerevisiae | Homologue bactérien ( E. coli ) | Homologue Archaeal |
|---|---|---|---|---|---|---|
| RPSA | uS2 | VAE | S0 | S2p | S2 | |
| RPS2 | uS5 | VAE | S2 | S5p | S5p | |
| RPS3 | uS3 | VAE | S3 | S3p | S3p | |
| RPS3A | eS1 | EA | S1 | n / A | S3Ae | |
| RPS4 ( RPS4X , RPS4Y1 , RPS4Y2 ) | eS4 | EA | S4 | n / A | S4e | |
| RPS5 | uS7 | VAE | S5 | S7p | S5p | |
| RPS6 | eS6 | EA | S6 | n / A | S6e | |
| RPS7 | eS7 | E | S7 | n / A | n / A | |
| RPS8 | eS8 | EA | S8 | n / A | S8e | |
| RPS9 | uS4 | VAE | S9 | S4p | S4p | |
| RPS10 | eS10 | E | S10 | n / A | n / A | |
| RPS11 | uS17 | VAE | S11 | S17p | S17p | |
| RPS12 | eS12 | E | S12 | n / A | n / A | |
| RPS13 | uS15 | VAE | S13 | S15p | S15p | |
| RPS14 | États-Unis11 | VAE | S14 | S11p | S11p | |
| RPS15 | uS19 | VAE | S15 | S19p | S19p | |
| RPS15A | uS8 | VAE | S22 | S8p | S8p | |
| RPS16 | uS9 | VAE | S16 | S9p | S9p | |
| RPS17 | eS17 | EA | S17 | n / A | S17e | |
| RPS18 | uS13 | VAE | S18 | S13p | S13p | |
| RPS19 | eS19 | EA | S19 | n / A | S19e | |
| RPS20 | uS10 | VAE | S20 | S10p | S10p | |
| RPS21 | eS21 | E | S21 | n / A | n / A | |
| RPS23 | États-Unis12 | VAE | S23 | S12p | S12p | |
| RPS24 | eS24 | EA | S24 | n / A | S24e | |
| RPS25 | eS25 | EA | S25 | n / A | S25e | |
| RPS26 | eS26 | EA | S26 | n / A | S26e | |
| RPS27 | eS27 | EA | S27 | n / A | S27e | |
| RPS27A | eS31 | EA | S31 | n / A | S27ae | |
| RPS28 | eS28 | EA | S28 | n / A | S28e | |
| RPS29 | États-Unis14 | VAE | S29 | S14p | S14p | |
| RPS30 | eS30 | EA | S30 | n / A | S30e | |
| RACK1 | RACK1 | E | Asc1 | n / A | n / A |
