Liste des génomes d'archées séquencés - List of sequenced archaeal genomes

Cette liste de génomes d' archées séquencés contient toutes les archées connues pour avoir des séquences génomiques complètes accessibles au public qui ont été assemblées, annotées et déposées dans des bases de données publiques. Methanococcus jannaschii a été le premier archéon dont le génome a été séquencé, en 1996.

Actuellement dans cette liste il y a 39 génomes appartenant aux espèces Crenarchaeota, 105 appartenant aux Euryarchaeota, 1 génome appartenant aux Korarchaeota et aux Nanoarchaeota, 3 appartenant aux Thaumarchaeota et 1 génome appartenant à une Archaea non classée, totalisant 150 génomes Archaeal.

Crenarchaeota

Acidilobales

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Acidilobus saccharovorans 345-15 1 496 000 1 547 CP001742 2010

Desulforococcales

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Aéropyrum pernix K1 1 669 695 2 694 NC_000854 (Séquence de référence NCBI) 1999
Desulfurococcus kamchatkensis 1221n 1 365 000 1 521 CP001140 2009
Hyperthermus butylique DSM 5456 1 667 000 1 669 CP000493 2007
Ignicocus hospitalis KIN4/I, DSM 18386 1 297 000 1 496 CP000816 2008
ignisphaera aggregans AQ1.S1, DSM 17230 1 875 000 2 042 CP002098 2010
Pyrolobus fumarii 1A, DSM 11204 1 843 000 2.038 CP002838 2011
Staphylothermus hellenicus P8, DSM 12710 1 580 000 1 716 CP002051 2011
Staphylothermus marinus F1, DSM 3639 1 570 000 1 659 CP000575 2011
Thermosphaera aggregans M11TL, DSM 11486 1 316 000 1 457 CP001939 2010

Sulfolobales

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Acidianus hospitalis W1 2 137 000 2 424 CP002535 2011
Metallosphaera cuprina Ar-4 1.840.000 2 077 CP002656 2011
Metallosphaera sedula DSM 5348 2 191 000 2 347 CP000682 2008
Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 2 225 959 2 223 CP000077 2005
Sulfolobus islandicus HVE10/4 2 655 000 CP002426 2011
Sulfolobus islandicus LD8.5 2 722 000 2 996 Chromosome CP001731

Plasmide pLD8501 CP001732

2009
Sulfolobus islandicus LS2.15 2 736 000 3 068 CP001399 2009
Sulfolobus islandicus M.14.25 2 608 000 2 900 CP001400 2009
Sulfolobus islandicus M.16.27 2 692 000 2 956 CP001401 2009
Sulfolobus islandicus M.16.4 2.586.000 2 869 CP001402 2009
Sulfolobus islandicus REY15A 2.522.000 CP002425 2011
Sulfolobus islandicus YG57.14 2 702 000 3 079 CP001403 2009
Sulfolobus islandicus YN15.51 2 812 000 3 318 Chromosome CP001404

Plasmide pYN01 CP001405

2009
Sulfolobus islandicus LAL14/1 2 465 177 2 601 CP003928 2013
Sulfolobus solfataricus P2 2 992 245 2 995 AE006641 2001
Sulfolobus solfataricus 98/2 2 668 000 2 728 Institut commun du génome du DOE CP001800 2009
Sulfolobus tokodaii 7 2 694 765 2 826 BA000023 2001

Thermoprotéales

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Caldivirga maquilingensis IC-167 2.077.000 2.011 Institut commun du génome du DOE CP000852 2007
Pyrobaculum aerophilum IM2 2.222.430 2 605 AE009441 2002
Pyrobaculum arsenaticum PZ6, DSM 13514 2 121 000 2 410 Institut commun du génome du DOE CP000660 2007
Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 2.009.000 2 213 Institut commun du génome du DOE CP000561 2007
Pyrobaculum islandicum DSM 4184 1 826 000 2 063 Institut commun du génome du DOE CP000504 2006
Pyrobaculum sp. 1860 Inédit CP003098 2011
Thermofilum pendens Hrk 5 1 781 000 1930 Chromosome CP000505

Plasmide pTPEN01 CP000506

2008
neutrophile thermoprotéique V24Sta 1 769 000 2 053 Institut commun du génome du DOE CP001014 2008
Thermoproteus tenax Kra1 1 841 000 2 100 FN869859 2011
Thermoproteus uzoniensis 768-20 1 936 000 2 229 CP002590 2011
Vulcanisaeta distributa DSM 14429 2 374 000 2 592 CP002100 2010
Vulcanisaeta moutnovskia 768-28 2 298 000 2 393 CP002529 2011

Euryarchaeota

Archéoglobes

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Archaeoglobus fulgidus DSM4304 2 178 400 2 407 AE000782 1997
Archaeoglobus veneficus SNP6, DSM 11195 1 901 000 2 194 Institut commun du génome du DOE CP002588 2011
Archaeoglobus profundus Av18, DSM 5631 1 563 000 1 911 Chromosome CP001857

Plasmide pArcpr01 CP001858

2010
Ferroglobus placidus AEDII12DO, DSM 10642 2 196 000 2 622 CP001899 2011

Halobactéries

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Halalkalicoccus jeotgali B3, DSM 18796 3 690 000 3925 Chromosome I CP002062

Plasmide 1 CP002063
Plasmide 2 CP002064
Plasmide 3 CP002065
Plasmide 4 CP002066
Plasmide 5 CP002067
Plasmide 6 CP002068

2010
Haloarcula hispanique CCGM 1.2049 3 484 000 3 561 Chromosome I CP002921

Chromosome II CP002922
Plasmide pHH400 CP002923

2011
Haloarcula marismortui ATCC 43049 3 131 724 3 131 Chromosome I AY596297

Chromosome II AY596298
Plasmide pNG100 AY596290
Plasmide pNG200 AY596291
Plasmide pNG300 AY596292
Plasmide pNG400 AY596293
Plasmide pNG500 AY596294
Plasmide pNG600 AY596295
Plasmide pNG700 AY596296

2004
Halobacterium salinarum R1, DSM 671 2 000 000 2 801 Chromosome NC_010364

Plasmide PHS1 NC_010366
Plasmide PHS2 NC_010369
Plasmide PHS3 NC_010368
Plasmide PHS4 NC_010367

2008
Espèces d' halobactéries CNRC-1 2 014 239 2 058 Chromosome NC_002607

Plasmide pNRC100 NC_002607
Plasmide pNRC200 NC_002608

2000
Halobiforma lacisalsi AJ5, JCM 12983 4 320 000 4 682 AGFZ00000000 2011
Haloferax volcanii DS2 Chromosome CP001956

Plasmide pHV1 CP001957
Plasmide pHV2 CP001954
Plasmide pHV3 CP001953
Plasmide pHV4 CP001955

2010
Halogeometricum borinquense PR3, DSM 11551 3 920 000 4 059 Chromosome CP001690

Plasmide pHBOR01 CP001691
Plasmide pHBOR02 CP001692
Plasmide pHBOR03 CP001693
Plasmide pHBOR04 CP001694
Plasmide pHBOR05 CP001695

2009
Halomicrobium mukohataei arg-2, DSM 12286 3 332 000 3 475 Chromosome CP001688

Plasmide pHmuk01 CP001689

2009
Halopiger xanaduensis SH-6 3 668 000 3 685 Institut commun du génome du DOE Chromosome CP002839

Plasmide pHALXA01 CP002840
Plasmide pHALXA02 CP002841
Plasmide pHALXA03 CP002842

2011 (Chromosome)
Haloquadratum walsbyi C23, DSM 16854 3 148 000 Chromosome FR746099

Plasmide PL6A FR746101
Plasmide PL6B FR746102
Plasmide PL100 FR746100

2011
Haloquadratum walsbyi HBSQ001, DSM 16790 3 132 000 2 914 Chromosome AM180088

Plasmide PL47 AM180089

2006
Halorhabdus tiamatea SARL4B 3 840 000 4 034 AFNT00000000 2011
Halorhabdus utahensis AX-2, DSM 12940 3116 Ko 3076 CP001687 2009
Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 4.300.000 3 725 Institut commun du génome du DOE Chromosome 1 CP001365

Chromosome 2 CP001366
Plasmide pHLAC01 CP001367

2009 (Chromosomes 1 et 2)
Haloterrigena turkmenica VKM B-1734, DSM 5511 5 440 000 5 351 Chromosome CP001860

Plasmide pHTUR01 CP001861
Plasmide pHTUR02 CP001862
Plasmide pHTUR03 CP001863
Plasmide pHTUR04 CP001864
Plasmide pHTUR05 CP001865
Plasmide pHTUR06 CP001866

2010
Natrialba asiatica ATCC 700177 Enquête 2004
Natrialba magadii ATCC 43099 3 751 000 4.364 Institut commun du génome du DOE CP001932 2010
Natronomonas pharaonis DSM2160 2 595 221 2 675 Chromosome CR936257

Plasmide PL131 CR936258
Plasmide PL23 CR936259

2005

Méthanobactéries

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Methanobacterium sp. AL-21 2.583.000 DOE Joint Genome Institute,
Univ de l'Illinois à Urbana-Champaign 		CP002551 2011
Methanobacterium sp. CYGNE-1 2 546 000 2500 DOE Joint Genome Institute,
Univ Illinois à Urbana-Champaign 		CP002772 2011
Methanobacterium thermoautotrophicum delta-H 1 751 377 1 869 AE000666 1997
Methanobrevibacter ruminantium M1 2 937 000 2 283 CP001719 2010
Methanobrevibacter smithii DSM 2375 1 704 000 1 748 Université de Washington ABYW00000000 2008
Methanobrevibacter smithii F1, DSM 2374 1.707.000 1 749 Université de Washington ABYV00000000 2010
Methanobrevibacter smithii PS, ATCC 35061 1 853 000 1 841 CP000678 2007
Methanobrevibacter smithii TS94A 1 889 000 1 808 AELU00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS94B 1 886 000 1 856 AELV00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS94C 1.910.000 1 812 AELW00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS95A 1 992 000 1.961 AELX00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS95B 1 972 000 1 895 AELY00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS95C 1 978 000 1 874 AELZ00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS95D 2.011.000 1 860 AEMA00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS96A 1 975 000 1 852 AEMB00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS96B 1 869 000 1 742 AEMC00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS96C 1.818.000 1764 AEMD00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS145A 1 782 000 1 786 AEKU00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS145B 1 797 000 1 880 AELL00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS146A 1 792 000 1 823 AELM00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS146B 1 794 000 1 814 AELN00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS146C 1 947 000 2 355 AELO00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS146D 1 713 000 1 693 AELP00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS146E 1 952 000 1 887 AELQ00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS147A 2.008.000 1 969 AELR00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS147B 1 965 000 1 911 AELS00000000 2011
Methanobrevibacter smithii TS147C 1 973 000 2.014 AELT00000000 2011
Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 1 767 403 1 534 CP000102 2005
Methanothermobacter marburgensis Marbourg DSM 2133 1 634 000 1 806 CP001710 2010
Méthanothermus fervidus V24S, DSM 2088 1 243 000 1 361 CP002278 2010

Méthanocoques

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Methanocaldococcus fervens AG86 1 485 000 1 663 Institut commun du génome du DOE Chromosome CP001696

Plasmide pMEFER01 CP001697

2009 (Chromosome)
Methanocaldococcus infernus MOI 1.328.000 1 513 Institut commun du génome du DOE CP002009 2010
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 1 664 970 1715 Chromosome : L77117

Grand plasmide : L77118
Petit plasmide : L77119

1996
Methanocaldococcus vulcanius M7, DSM 12094 1 746 000 1 808 Institut commun du génome du DOE Chromosome CP001787

Plasmide pMETVU01 CP001788
Plasmide pMETVU02 CP001789

2009
Methanocaldococcus sp. FS406-22 1 760 000 1 893 Institut commun du génome du DOE Chromosome CP001901

Plasmide pFS01 CP001902

2010 (Chromosome)
Methanococcus aeolicus Nankai-3 1 569 000 1 554 Institut commun du génome du DOE CP000743 2007
Methanococcus maripaludis C5 1 780 000 1 896 Institut commun du génome du DOE CP000609 2007
Methanococcus maripaludis C6 1 744 000 1 874 Institut commun du génome du DOE CP000867 2007
Methanococcus maripaludis C7 1 772 000 1 858 Institut commun du génome du DOE CP000745 2007
Methanococcus maripaludis S2 1 661 137 1 722 NC_005791 (Séquence de référence NCBI) 2004
Methanococcus maripaludis X1 1 746 000 1 892 CP002913 2011
Methanococcus vannielii SB 1.720.000 1 755 Institut commun du génome du DOE CP000742 2007
Methanococcus voltae A3 1 936 000 1 768 Institut commun du génome du DOE CP002057 2010
Méthanothermocoque okinawensis IH1 1 662 000 1 662 Institut commun du génome du DOE Chromosome CP002792

Plasmide pMETOK01 CP002793

2011 (Chromosome)
Méthanotorris igneus Kol5, DSM 5666 1 854 000 1 843 Institut commun du génome du DOE CP002737 2011

Méthanomicrobienne

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Candidatus Methanoregula boonei 6A8 2.542.000 2 518 Institut commun du génome du DOE CP000780 2007
Methanocella sp. Groupe Riz I (RC-I) MRE50 3 179 916 3103 Séquence du génome, puis placement taxonomique AM114193 2005
Methanocella paludicola SANAE 2 957 635 3004 AP011532 2011
Methanocella conradii HZ254 1.316.380 2512 CP003243 2012
Methanococcoides burtonii DSM6242 2 575 032 2 273 CP000300 2009
Methanocorpusculum labreanum Z 1 804 000 1 830 CP000559 2009
Methanoculeus marisnigri JR1, DSM 1498 2.478.000 2 560 CP000562 2009
Methanohalobium evestigatum Z-7303 2 406 232 2 254 Institut commun du génome du DOE Chromosome : CP002069

Plasmide pMETEV01 : CP002070

2010 (Chromosome)
Methanohalophilus mahii SLP, DSM 5219 2.012.000 2 095 CP001994 2010
Methanoplanus petrolearius SEBR 4847, DSM 11571 2 843 000 2881 CP002117 2011
Methanosalsum zhilinae WeN5, DSM 4017 2 138 000 2 086 CP002101 2010
Methanosaeta concilii GP-6 3 008 000 CP002565 2010
Methanosaeta harundinacea 6Ac 2.559.000 CP003117 2011
Methanosaeta thermophila TP 1 879 000 1 785 Institut commun du génome du DOE CP000477 2006
Methanosarcina acetivorans C2A 5.751.492 4 540 AE010299 2002
Methanosarcina barkeri Fusaro, DSM 804 4.837.408 3 607 Chromosome CP000099

Plasmide 1 CP000098

2006 (Chromosome)
Methanosarcina mazei Aller1 4 096 345 3 371 AE008384 2002
Methanosphaerula palustris E1-9c, DSM 19958 2 922 000 2 859 Institut commun du génome du DOE CP001338 2008
Methanospirillum hungatei JF-1 3 544 738 3 139 Institut commun du génome du DOE CP000254 2006

Méthanopyres

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Methanopyrus kandleri AV19 1 694 969 1 691 AE009439 2002

Thermocoques

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Pyrococcus abyssi GE5 1 765 118 1784 NC_000868 (Séquence de référence NCBI) 2000
Pyrococcus furiosus DSM 3638 1 908 256 2 065 AE009950 1999
Pyrococcus horikoshii OT3 1 738 505 2 061 NC_000961 (Séquence de référence NCBI) 1998
Pyrococcus sp. NA2 1 861 000 1 984 CP002670 2011
Pyrococcus yayanosii CH1 1 716 000 1952 CP002779 2011
Thermocoque barophilus Député, DSM 11836 2.010.000 2 196 CP002372 2011
Thermococcus gammatolerans EJ3 2 045 000 2 206 CP001398 2009
Thermococcus kodakaraensis KOD1 2.088.737 2 306 AP006878 2005
Thermococcus onnurineus NA1 1 847 000 2 027 NC_011529 (Séquence de référence NCBI) 2008
Thermococcus sibiricus MM 739 1 845 000 2 085 CP001463 2009
Thermocoque sp. 4557 2.011.000 2 181 CP002920 2011
Thermocoque sp. AM4 2.086.000 2 279 CP002952 2011

Thermoplasma

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Ferroplasma acidarmanus Fer1 1 865 000 1 742 AABC00000000 2007
Picrophilus torridus DSM 9790 1 545 895 1 535 AE017261 2004
Thermoplasma acidophilum DSM 1728 1 564 906 1 478 NC_002578 (Séquence de référence NCBI) 2000
Volcanium thermoplasmique GSS1 1 584 804 1 526 NC_002689 (Séquence de référence NCBI) 2000

Euryarchaeota non classé

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Aciduliprofundum boonei T469 1 486 000 1 587 Institut commun du génome du DOE CP001941 2010

Korarchaeota

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Candidatus Korarchaeum cryptofilum OPF8 1 590 000 1 661 CP000968 2008

Nanoarchéotames

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Nanoarchaeum equitans Kin4-M 490 885 536 AE017199 2003

Thaumarchaeota

Cenarchaeales

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Cenarchaeum symbiosum UNE 2 045 000 2 066 DP000238 2006

Nitrosopumilales

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
Candidatus Nitrosoarchaeum limnia SFB1 1 769 000 2 171 AEGP00000000 2011
Nitrosopumilus maritimus SCM1 1 645 000 1 842 CP000866 2010

Archées non classées

Espèce Souche Paires de Bases Gènes Référence Identifiant GenBank Année de parution
archéon halophile sp. DL31 Inédit CP002988 2011

Voir également

Les références

Liens externes