Projet `` L'arbre vivant de toutes les espèces '' - 'The All-Species Living Tree' Project
Le projet `` All-Species Living Tree '' est une collaboration entre divers groupes / instituts universitaires, tels que l' ARB , le projet de base de données ARNr SILVA et le LPSN , dans le but d'assembler une base de données de séquences d'ARNr 16S de toutes les espèces de bactéries validement publiées et Archaea . À un moment donné, des séquences 23S ont également été collectées, mais cela s'est arrêté depuis.
Actuellement, il y a plus de 10 950 espèces dans l'ensemble de données aligné et plusieurs autres sont ajoutées soit à mesure que de nouvelles espèces sont découvertes, soit que des espèces qui ne sont pas représentées dans la base de données sont séquencées. Au départ, ce dernier groupe était constitué de 7% d'espèces.
Des projets similaires (et plus récents) comprennent l' Encyclopédie génomique des bactéries et des archées (GEBA), qui se concentrait sur le séquençage du génome entier des bactéries et des archées.
Arbre
L'arbre a été créé par analyse du maximum de vraisemblance sans bootstrap: par conséquent, la précision est échangée contre la taille et de nombreux clades de niveau phylum ne sont pas correctement résolus (comme les firmicutes). (Eucaryotes non présents dans l'analyse). Cet arbre phylogénétique basé sur l'ARNr 16S est basé sur les LTP de la version ARB-SILVA 121 (juin 2015) et contient toutes les espèces de type avec des noms validement publiés jusqu'en décembre 2014.
| Domaine Archaea |
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| Bactéries du domaine |
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