Chloroflexi (classe) - Chloroflexi (class)

Chloroflexie
Classification scientifique
Domaine:	Les bactéries
Phylum:	Chloroflexi
Classer:	Chloroflexie ; Gupta et coll. 2013
Ordres et sous-commandes
	Herpetosiphonales ; Chloroflexales Chloroflexinées ; Roseiflexinae ;
Synonymes
	Chloroflexia Castenholz 2001

Les chloroflexies sont l'une des six classes de bactéries du phylum Chloroflexi , appelées bactéries filamenteuses vertes sans soufre . Ils utilisent la lumière comme énergie et sont nommés pour leur pigment vert, généralement trouvé dans les corps photosynthétiques appelés chlorosomes .

La chloroflexie est généralement filamenteuse et peut se déplacer par glissement bactérien . Ils sont facultativement aérobies , mais ne produisent pas d'oxygène lors du processus de production d'énergie à partir de la lumière ou de la phototrophie . De plus, la chloroflexie a une méthode de phototrophie ( photohétérotrophie ) différente de celle des vraies bactéries photosynthétiques .

Étymologie

Le nom "Chloroflexi" est un pluriel néolatin de "Chloroflexus", qui est le nom du premier genre décrit. Le nom est une combinaison du grec chloros (χλωρός) signifiant «jaune verdâtre» et du latin flexus (de flecto ) signifiant «plié» pour signifier «un pli vert». Le nom n'est pas dû au chlore, un élément confirmé comme tel en 1810 par Sir Humphry Davy et nommé d'après sa couleur vert pâle.

Taxonomie et signatures moléculaires

La classe Chloroflexia est un groupe de bactéries photosynthétiques à ramification profonde (à l'exception des espèces Herpetosiphon et Kallotenue ) qui se compose actuellement de trois ordres: Chloroflexales , Herpetosiphonales et Kallotenuales . Les Herpetosiphonales et Kallotenuales se composent chacun d'un seul genre au sein de sa propre famille, Herpetosiphonaceae ( Herpetosiphon ) et Kallotenuaceae ( Kallotenue ), respectivement, tandis que les Chloroflexales sont plus diversifiés sur le plan phylogénétique.

Caractéristiques distinctives microscopiques

Les membres du phylum Chloroflexi sont des monodermes et se colorent principalement à Gram négatif, alors que la plupart des espèces de bactéries sont des didermes et se colorent à Gram négatif , à l'exception des Gram positifs des Firmicutes (GC bas Gram positifs), des Actinobactéries (GC élevés, Gram positifs) et des Groupe Deinococcus-Thermus (Gram positif, didermes avec peptidoglycane épais).

Caractéristiques génétiques distinctives

L'analyse génomique comparative a récemment affiné la taxonomie de la classe Chloroflexia , divisant les Chloroflexales en le sous-ordre Chloroflexineae composé des familles Oscillachloridaceae et Chloroflexaceae , et le sous-ordre Roseiflexineae contenant la famille Roseiflexaceae . La taxonomie révisée était basée sur l'identification d'un certain nombre d' indels de signature conservés (CSI) qui servent de marqueurs moléculaires hautement fiables d'ascendance partagée.

Caractéristiques distinctives physiologiques

Un soutien supplémentaire pour la division des Chloroflexales en deux sous-ordres est les différences observées dans les caractéristiques physiologiques où chaque sous-ordre est caractérisé par des profils distincts de caroténoïdes , de quinones et d' acides gras qui sont systématiquement absents dans l'autre sous-ordre.

En plus de délimiter les rangs taxonomiques, les CSI peuvent jouer un rôle dans les caractéristiques uniques des membres du clade: en particulier, un insert de quatre acides aminés dans la protéine pyruvate flavodoxine / ferrédoxine oxydoréductase, une protéine qui joue un rôle important dans les organismes photosynthétiques , a été trouvé exclusivement parmi tous les membres du genre Chloroflexus , et on pense qu'il joue un rôle fonctionnel important.

Des travaux supplémentaires ont été réalisés en utilisant des CSI pour délimiter la position phylogénétique de la chloroflexie par rapport aux groupes photosynthétiques voisins tels que les cyanobactéries.

Les espèces Chloroflexia forment une lignée distincte avec les espèces Chlorobi , leurs plus proches parents phylogénétiques. Un CSI s'est avéré être partagé entre les membres de Chloroflexia et Chlorobi , ce qui a été interprété comme le résultat d'un événement de transfert de gène horizontal entre les deux parents.

Taxonomie

La taxonomie actuellement acceptée est la suivante:

Commander des chloroflexales
- Sous-ordre Chloroflexineae
  - Famille Chloroflexaceae Trüper 1976 emend. Gupta et coll. 2013
    - Genre Chloroflexus Pierson et Castenholz 1974
      - C. aggregans Hanada et al. 1995
      - C. aurantiacus Pierson et Castenholz 1974
  - Famille Oscillochloridaceae Keppen 2000 emend. Gupta et coll. 2013
    - Genre Oscillochloris Gorlenko et Pivovarova 1989 corrigent. Keppen et coll. 2000
      - O. chrysea Gorlenko et Pivovarova 1989
      - O. trichoides (ex Szafer) Gorlenko et Korotkov1989 corrigent. Keppen et coll. 2000
    - Genre Chloronema Dubinina et Gorlenko 1975
      - Chloronema giganteum Dubinina et Gorlenko 1975
- Sous-ordre Roseiflexineae
  - Famille Roseiflexaceae Gupta et al. 2013
    - Genre Roseiflexus Hanada et al. 2002
      - Roseiflexus castenholzii Hanada et al. 2002
    - Genre Heliothrix Pierson et al. 1986
      - Heliothrix oregonensis Pierson et al. 1986
Commandez " Herpetosiphonales "
- Famille " Herpetosiphonaceae "
  - Genre Herpetosiphon Holt et Lewin 1968
    - H. aurantiacus Holt et Lewin 1968
    - H. geysericola (Copeland 1936) Lewin 1970

De plus, «Kouleothrix aurantiaca» et «Dehalobium chlorocoercia» n'ont pas été complètement décrits.

Les références

Lectures complémentaires

Garrity GM, Holt JG (2001). "Phylum BVI. Chloroflexi phy. Nov" . In Boone, DR, Castenholz, RW (éd.). Les archées et les bactéries profondément ramifiées et phototrophes . Manuel de Bergey de bactériologie systématique. 1 (2e éd.). New York: Springer Verlag. p. 169 . ISBN 978-0-387-98771-2 .

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