Dispersion anormale multi-longueurs d'onde - Multi-wavelength anomalous dispersion

La diffraction anormale multi-longueurs d'onde (parfois dispersion anormale multi-longueur d'onde ; MAD abrégé ) est une technique utilisée en cristallographie aux rayons X qui facilite la détermination de la structure tridimensionnelle des macromolécules biologiques (par exemple ADN, récepteurs de médicaments) via la solution de la phase problème .

MAD a été développé par Wayne Hendrickson alors qu'il travaillait comme chercheur postdoctoral sous Jerome Karle au laboratoire de recherche navale des États-Unis . Les mathématiques sur lesquelles MAD (et le progéniteur Dispersion anormale à longueur d'onde unique ) ont été basées ont été développées par Jerome Karle , travail pour lequel il a reçu le prix Nobel de chimie 1985 (avec Herbert Hauptman ).

Voir également

• Dispersion anormale à une seule longueur d'onde (SAD)
• Remplacement isomorphe multiple (MIR)
• Diffusion anormale
• Diffusion anormale des rayons X
• Carte de Patterson de satellite

Références

Lectures complémentaires

• Hendrickson WA (1985). "Analyse de la structure des protéines à partir de la mesure de diffraction à plusieurs longueurs d'onde". Transactions de l'ACA . 21 .
• Karle J (1980). "Quelques développements dans la dispersion anormale pour la recherche structurale des systèmes macromoléculaires en biologie". Journal international de chimie quantique: Symposium de biologie quantique . 7 : 357–367. doi : 10.1002 / qua.560180734 .
• Karle J (1989). "Analyses algébriques linéaires de structures avec un type prédominant de diffuseur anormal" . Acta Crystallographica A . 45 (4): 303-307. doi : 10.1107 / s0108767388013042 . PMID   2559755 .
• Pahler A, Smith JL, Hendrickson WA (1990). "Une représentation de probabilité pour l'information de phase de dispersion anormale multi-longueur d'onde" . Acta Crystallographica A . 46 (7): 537–540. doi : 10.1107 / s0108767390002379 .
• Terwilliger TC (1994). "Phasage MAD: Estimations bayésiennes de FA" . Acta Crystallographica D . 50 : 11-16. doi : 10.1107 / s0907444993008224 .
• Terwilliger TC (1994). "Phasing MAD: Traitement des différences de dispersion comme information de remplacement isomorphe" . Acta Crystallographica D . 50 (Pt 1): 17–23. doi : 10.1107 / s0907444993008236 . PMID   15299472 .
• Fourme R, Shepard W, Kahn R, l'Hermite G, de La Sierra IL (1995). "La méthode de contraste de solvant anormal à plusieurs longueurs d'onde (MASC) dans la cristallographie macrocoléculaire". Journal of Synchrotron Radiation . 2 (Pt 1): 36–48. doi : 10.1107 / S0909049594006680 . PMID   16714785 .
• de la Fortelle E, Bricogne G (1997). "Raffinement de paramètre d'atome lourd de probabilité maximale pour le remplacement isomorphe multiple et les méthodes de diffraction anormale multi-longueurs d'onde" . Méthodes en enzymologie. 276 : 472–494 . doi : 10.1016 / S0076-6879 (97) 76073-7 . ISBN   978-0-12-182177-7 . PMID   27799110 . Citer le journal nécessite |journal= ( aide )
• Hendrickson WA, Ogata CM (1997). "Détermination de phase à partir de mesures de diffraction anormale multi-longueur d'onde" . Méthodes en enzymologie. 276 : 494-523 . doi : 10.1016 / S0076-6879 (97) 76074-9 . ISBN   978-0-12-182177-7 . PMID   27799111 . Citer le journal nécessite |journal= ( aide )
• Bella J, Rossmann MG (1998). "Un algorithme de phasage général pour plusieurs données MAD et MIR". Acta Crystallographica D . 54 (2): 159–174. doi : 10.1107 / s0907444997010469 . PMID   9761882 .
• Guss JM, Merritt EA, Phizackerley RP, Hedman B, Murata M, Hodgson KO , Freeman HC (1989). "Détermination de phase par diffraction des rayons X à plusieurs longueurs d'onde: structure cristalline d'une protéine de cuivre bleu basique à partir de concombres". La science . 241 (4867): 806–811. Bibcode : 1988Sci ... 241..806G . doi : 10.1126 / science.3406739 . PMID   3406739 .

Liens externes

• MAD phasing - un didacticiel détaillé avec des exemples, des illustrations et des références.
• Biographie HHMI pour Wayne Hendrickson
• Page d'accueil de Wayne Hendrickson
• Résumé des recherches du laboratoire Hendrickson
• Biographie de Jerome Karl Nobel
• Reconnaissance par la LNR du prix Nobel

Logiciels d'ordinateur

• Le paquet d'absorption SSRL - Brennan S, Cowan PL (1992). "Une suite de programmes pour calculer les performances d'absorption, de réflexion et de diffraction des rayons X pour une variété de matériaux à des longueurs d'onde arbitraires" . Examen des instruments scientifiques . 63 (1): 850. Bibcode : 1992RScI ... 63..850B . doi : 10.1063 / 1.1142625 .
• CHOOCH - Evans G, Pettifer RF (2001). "CHOOCH: un programme pour dériver des facteurs de diffusion anormale à partir de spectres de fluorescence X" . Journal of Applied Crystallography . 34 : 82–86. doi : 10.1107 / S0021889800014655 .
• Shake-and-Bake ( SnB ) - Smith GD, Nagar B, Rini JM, Hauptman HA, Blessing RH (1998). "L'utilisation de Snb pour déterminer une sous-structure de diffusion anormale". Acta Crystallographica D . 54 (Pt 5): 799–804. doi : 10.1107 / S0907444997018805 . PMID   9757093 .
• SHELX - Sheldrick GM (1998). "SHELX: applications aux macromolécules". In S Fortier (éd.). Méthodes directes de résolution des structures macromoléculaires . Dordrecht: Kluwer Academic Publishers. pp. 401–411. ISBN   0-7923-4949-0 .

Tutoriels et exemples

• Evans, Gwyndaf (octobre 1994). "La méthode de diffraction anormale de longueurs d'onde multiples utilisant le rayonnement de synchrotron aux énergies optimales de rayon X: Application à la cristallographie de protéine" . Thèse de doctorat . Université de Warwick.