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NeuroLex
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Contenu
La description Lexique dynamique des termes de neurosciences dans un wiki sémantique
Types de données
capturés		 Neurosciences
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Auteurs Maryann Martone , Stephen Larson et autres
Accès
Site Internet https://scicrunch.org/scicrunch/interlex/tableau de bord
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Licence Creative Commons Attribution 3.0 Unported

NeuroLex est un lexique dynamique des concepts des neurosciences . C'est un wiki structuré comme un wiki sémantique , utilisant Semantic MediaWiki . NeuroLex est soutenu par le projet Neuroscience Information Framework .

Aperçu

Le NeuroLex est destiné à aider à améliorer la façon dont les neuroscientifiques communiquent sur leurs données, afin que les systèmes d'information comme le NIF puissent trouver des données plus facilement et fournir des moyens plus puissants d'intégrer les données qui se produisent sur des ressources distribuées. L'un des principaux obstacles à l'intégration des données en neurosciences est l'utilisation incohérente de la terminologie dans les bases de données et d'autres ressources comme la littérature . Quand on utilise les mêmes termes pour signifier différentes choses, on ne peut pas facilement poser des questions qui s'étendent sur plusieurs ressources. Par exemple, si trois bases de données contiennent des informations sur les gènes exprimés dans le cortex , mais qu'elles utilisent toutes des définitions différentes du cortex cérébral , alors on ne peut pas les comparer facilement.

Utilisation dans le cadre d'information en neurosciences

Le NIF permet la découverte et l'accès aux données et aux outils de recherche publics dans le monde entier grâce à un environnement en réseau open source. Financé par le NIH Blueprint for Neuroscience Research, le NIF permet aux scientifiques et aux étudiants de découvrir des ressources Web mondiales en neurosciences qui transcendent les frontières traditionnelles - des bases de données de neurosciences expérimentales, cliniques et translationnelles aux bases de connaissances, atlas et ressources génétiques/génomiques.

Contrairement aux moteurs de recherche généraux, NIF offre un accès plus approfondi à un ensemble plus ciblé de ressources pertinentes pour les neurosciences, des stratégies de recherche adaptées aux neurosciences et un accès à du contenu traditionnellement « caché » des moteurs de recherche Web . Le cadre est un inventaire dynamique de bases de données en neurosciences, annoté et intégré à un système unifié de terminologie biomédicale (c.-à-d. NeuroLex). NIF prend en charge les requêtes basées sur des concepts sur plusieurs échelles de structure biologique et plusieurs niveaux de fonction biologique, ce qui facilite la recherche et la compréhension des résultats.

Dans le cadre du NIF, une interface de recherche vers de nombreuses sources différentes d'informations et de données en neurosciences est fournie. Pour rendre cette recherche plus efficace, le NIF construit des ontologies pour aider à organiser les concepts des neurosciences en hiérarchies de catégories, par exemple en déclarant qu'un neurone est une cellule . Cela permet aux utilisateurs d'effectuer des recherches plus efficaces et également d'organiser et de comprendre les informations qui sont renvoyées. Mais un complément important à cette activité est de définir clairement tous les termes qui sont utilisés pour décrire les données, par exemple, termes anatomiques, techniques, noms d' organismes .

Contenu

Les entrées initiales du NeuroLex ont été construites à partir des ontologies NIFSTD qui reprenaient un vocabulaire antérieur BIRNLex. Il contient actuellement des concepts qui couvrent l'anatomie globale, les cellules du système nerveux , les structures subcellulaires, les maladies , les fonctions et les techniques. Le NIF sollicite la contribution de la communauté pour ajouter plus de contenu et corriger ce qui s'y trouve.

Voir également

Notes et références

Lectures complémentaires

NIF a été présenté dans un numéro spécial de Neuroinformatics , publié en septembre 2008 :

  1. Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (septembre 2008). "Les vocabulaires NIFSTD et BIRNLex : construire des ontologies complètes pour les neurosciences" . Neuroinformatique . 6 (3) : 175–94. doi : 10.1007/s12021-008-9032-z . PMC  2743139 . PMID  18975148 . Archivé de l'original le 12 février 2009.
  2. Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A , Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (septembre 2008). « Le cadre d'information des neurosciences : un environnement de données et de connaissances pour les neurosciences » . Neuroinformatique . 6 (3) : 149-60. doi : 10.1007/s12021-008-9024-z . PMC  2661130 . PMID  18946742 .
  3. Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (septembre 2008). « Terminologie pour la découverte de données en neurosciences : syntaxe multi-arbres et sémantique dérivée de l'investigateur » . Neuroinformatique . 6 (3) : 161-74. doi : 10.1007/s12021-008-9029-7 . PMC  2663521 . PMID  18958630 .
  4. Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (septembre 2008). "Accès fédéré aux ressources d'information hétérogènes dans le cadre d'information des neurosciences (NIF)" . Neuroinformatique . 6 (3) : 205-17. doi : 10.1007/s12021-008-9033-y . PMC  2689790 . PMID  18958629 .
  5. Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (septembre 2008). "Implémentation NeuroMorpho.Org des neurosciences numériques : couverture dense et intégration avec le NIF" . Neuroinformatique . 6 (3) : 241–52. doi : 10.1007/s12021-008-9030-1 . PMC  2655120 . PMID  18949582 .
  6. Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (septembre 2008). « Le courtier NIF LinkOut : une ressource Web pour faciliter l'intégration de données fédérées à l'aide d'identifiants NCBI » . Neuroinformatique . 6 (3) : 219-27. doi : 10.1007/s12021-008-9025-y . PMC  2704600 . PMID  18975149 .
  7. Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (septembre 2008). "Problèmes dans la conception d'une interface de requête pilote basée sur un concept pour le cadre d'information en neuroinformatique" . Neuroinformatique . 6 (3) : 229–39. doi : 10.1007/s12021-008-9035-9 . PMC  2664632 . PMID  18953674 .
  8. Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (septembre 2008). "Textpresso pour les neurosciences : recherche du texte intégral de milliers d'articles de recherche en neurosciences" . Neuroinformatique . 6 (3) : 195-204. doi : 10.1007/s12021-008-9031-0 . PMC  2666735 . PMID  18949581 .

Liens externes