Le code des moisissures, des protozoaires et des mitochondries coelentérées et le code des mycoplasmes / spiroplasmes - The mold, protozoan, and coelenterate mitochondrial code and the mycoplasma/spiroplasma code

Le code de moisissure, protozoaire et mitochondrial coelentéré et le code mycoplasme / spiroplasme (tableau de traduction 4 ) est le code génétique utilisé par divers organismes, dans certains cas avec de légères variations, notamment l'utilisation de l'UGA comme codon tryptophane plutôt que codon stop .

Le code

   AAs = FFLLSSSSYY**CCWWLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG

Starts = --MM---------------M------------MMMM---------------M------------

 Base1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGG

 Base2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG

 Base3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

Bases: adénine (A), cytosine (C), guanine (G) et thymine (T) ou uracile (U).

Acides aminés: Alanine (Ala, A), Arginine (Arg, R), Asparagine (Asn, N), Acide aspartique (Asp, D), Cystéine (Cys, C), Acide glutamique (Glu, E), Glutamine (Gln , Q), Glycine (Gly, G), Histidine (His, H), Isoleucine (Ile, I), Leucine (Leu, L), Lysine (Lys, K), Méthionine (Met, M), Phénylalanine (Phe, F), Proline (Pro, P), Serine (Ser, S), Threonine (Thr, T), Tryptophane (Trp, W), Tyrosine (Tyr, Y), Valine (Val, V).

Différences par rapport au code standard

Codons d'initiation alternatifs

• Trypanosome : UUA, UUG, CUG;
• Leishmania : AUU, AUA;
• Tetrahymena : AUU, AUA, AUG;
• Paramécie : AUU, AUA, AUG, AUC, GUG, GUA (?).

(Pritchard et al. , 1990)

Gamme systématique

• Bactéries: Le code est utilisé dans Entomoplasmatales et Mycoplasmatales (Bove et al. 1989). La situation dans les Acholeplasmatales n'est pas claire. Sur la base d'une étude des gènes des protéines ribosomales, il a été conclu que l'UGA ne code pas pour le tryptophane dans les organismes de type mycoplasme phytopathogènes (MLO) et les Acholeplasmataceae (Lim et Sears, 1992) et il semble qu'il n'y ait qu'un seul ARNt -CCA pour le tryptophane dans Acholeplasma laidlawii (Tanaka et al. 1989). En revanche, dans une étude sur l'utilisation des codons dans les phytoplasmes , il a été constaté que 30 des 78 cadres de lecture ouverts analysés traduisaient mieux avec ce code (UGA pour tryptophane) qu'avec le code plastidien bactérien, archéen et végétal alors que le reste ne présentait aucune différence entre les deux codes (Melamed et al. 2003). De plus, la réaffectation codante de UGA Stop → Trp peut être trouvée dans un symbiote alpha-protéobactérien des cigales : Candidatus Hodgkinia cicadicola (McCutcheon et al. 2009). Mycoplasma pneumoniae utilise également le codon UGA pour coder le tryptophane plutôt que de l'utiliser comme codon d'arrêt.
• Champignons: Emericella nidulans , Neurospora crassa , Podospora anserina , Acremonium (Fox, 1987), Candida parapsilosis (Guelin et al. , 1991), Trichophyton rubrum (de Bievre et Dujon, 1992), Dekkera / Brettanomyces , Eeniella (Hoeben et al. , 1993), et probablement Ascobolus immersus , Aspergillus amstelodami , Claviceps purpurea et Cochliobolus heterostrophus .
• Autres eucaryotes: Gigartinales parmi les algues rouges (Boyen et al.1994 ), et les protozoaires Trypanosoma brucei , Leishmania tarentolae , Paramecium tetraurelia , Tetrahymena pyriformis et probablement Plasmodium gallinaceum (Aldritt et al. , 1989).
• Métazoaires: Coelenterata ( Ctenophora et Cnidaria ).
• Autre: ce code est également utilisé pour l' ADN du kinétoplaste ( maxicercles , minicercles ). Les cinétoplastes sont des mitochondries modifiées (ou leurs parties).

Voir également

• Liste des codes génétiques

Références

Cet article incorpore le texte de la Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis , qui est dans le domaine public .

Liens externes