Tables de codons ADN et ARN - DNA and RNA codon tables

La table de codons d'ARN standard organisée en roue

Les trois bases d'ADN consécutives, appelées triplets nucléotidiques ou codons, sont traduites en acides aminés (GCA en alanine , AGA en arginine , GAT en acide aspartique , AAT en asparagine et TGT en cystéine dans cet exemple).

Une table de codons peut être utilisée pour traduire un code génétique en une séquence d' acides aminés . Le code génétique standard est traditionnellement représenté sous la forme d'un tableau de codons d' ARN , car lorsque les protéines sont fabriquées dans une cellule par les ribosomes , c'est l'ARN messager (ARNm) qui dirige la synthèse des protéines . La séquence d'ARNm est déterminée par la séquence d' ADN génomique . Dans ce contexte, le code génétique standard est appelé table de traduction 1. Il peut également être représenté dans une table de codons d'ADN. Les codons d'ADN dans ces tableaux se trouvent sur le brin d'ADN sens et sont disposés dans une direction 5'-à-3' . Différentes tables avec des codons alternatifs sont utilisées en fonction de la source du code génétique, par exemple à partir d'un noyau cellulaire , d'une mitochondrie , d'un plaste ou d'un hydrogénosome .

Il y a 64 codons différents dans le code génétique et les tableaux ci-dessous ; la plupart spécifient un acide aminé. Trois séquences, UAG, UGA et UAA, connues sous le nom de codons d'arrêt , ne codent pas pour un acide aminé mais signalent plutôt la libération du polypeptide naissant du ribosome. Dans le code standard, la séquence AUG—lue comme méthionine— peut servir de codon d'initiation et, avec des séquences telles qu'un facteur d'initiation , initie la traduction. Dans de rares cas, les codons de départ dans le code standard peuvent également inclure GUG ou UUG ; ces codons représentent normalement la valine et la leucine , respectivement, mais en tant que codons de départ, ils sont traduits en méthionine ou formylméthionine .

Le premier tableau - le tableau standard - peut être utilisé pour traduire des triplets de nucléotides en acide aminé correspondant ou en signal approprié s'il s'agit d'un codon de départ ou d'arrêt. La deuxième table, appelée à juste titre l'inverse, fait le contraire : elle peut être utilisée pour déduire un éventuel code triplet si l'acide aminé est connu. Comme plusieurs codons peuvent coder pour le même acide aminé, la notation des acides nucléiques de l' Union internationale de chimie pure et appliquée (IUPAC) est donnée dans certains cas.

Tableau de traduction 1

Tableau de codons d'ARN standard

Propriétés biochimiques des acides aminés	Non polaire	Polaire	De base	Acide		Terminaison : codon stop *		Initiation : possible codon de départ

Code génétique standard
1ère base	2e socle								3e socle
1ère base	U		C		UNE		g		3e socle
U	UUU	(Phe/F) Phénylalanine	UCU	(Ser/S) Sérine	UAU	(Tyr/Y) Tyrosine	UGU	(Cys/C) Cystéine	U
	UUC	(Phe/F) Phénylalanine	UCC		UAC	(Tyr/Y) Tyrosine	CGU	(Cys/C) Cystéine	C
	UUA	(Leu/L) Leucine	UCA		SAU	Arrêt ( Ocre ) *	UGA	Arrêt ( Opale ) *	UNE
	UUG		UCG		UAG	Arrêt ( Ambre ) *	UGG	(Trp/W) Tryptophane	g
C	CUU		CCU	(Pro/P) Proline	CAU	(Son/H) Histidine	UGT	(Arg/R) Arginine	U
	CUC		CCC		CAC	(Son/H) Histidine	CCG		C
	AUC		ACC		CAA	(Gln/Q) Glutamine	CGA		UNE
	CUG		GCC		CAG	(Gln/Q) Glutamine	CGG		g
UNE	AUU	(Ile/I) Isoleucine	ACU	(Thr/T) Thréonine	UAU	(Asn/N) Asparagine	AGU	(Ser/S) Sérine	U
	ASC		CAC		CAA	(Asn/N) Asparagine	CAG	(Ser/S) Sérine	C
	AUA		ACA		AAA	(Lys/K) Lysine	AGA	(Arg/R) Arginine	UNE
	AOT	(Met/M) Méthionine	ACG		AAG	(Lys/K) Lysine	AGG	(Arg/R) Arginine	g
g	GUU	(Val/V) Valine	CGU	(Ala/A) Alanine	GAU	(Asp/D) Acide aspartique ↓	GGU	(Gly/G) Glycine	U
	GUC		CCG		GAC	(Asp/D) Acide aspartique ↓	GGC		C
	GUA		GCA		GAA	(Glu/E) Acide glutamique ↓	GGA		UNE
	GUG		GCG		GAG	(Glu/E) Acide glutamique ↓	GGG		g

Tableau des codons d'ARN inverse

Tableau inverse pour le code génétique standard (compressé en utilisant la notation IUPAC )
Acide aminé	codons d'ARN	Comprimé	Acide aminé	codons d'ARN	Comprimé
Ala, A	CGU, GCC, GCA, GCG	GCN	Ile, je	AUU, AUC, AUA	AUH
Arg, R	CGU, CGC, CGA, CGG ; AGA, AGG	CGN, AGR ; ou CGY, MGR	Leu, L	CUU, CUC, CUA, CUG ; UUA, UUG	CUN, UUR; ou CUY, YUR
Asn, N	AAU, AAC	AAY	Lys, K	AAA, AAG	RAA
Aspic, D	GAU, GAC	GAY	Rencontré, M	AOT
Asn ou Asp, B	AAU, AAC; GAU, GAC	RAYON	Phe, F	UUU, UUC	UUY
Cys, C	UGU, UGC	UGY	Pro, P	CCU, CCC, CCA, GCC	CCN
Gln, Q	CAA, CAG	AUTO	Ser, S	UCU, UCC, UCA, UCG ; AGU, AGC	UCN, AGY
La colle	GAA, GAG	GAR	Thr, T	ACU, ACC, ACA, ACG	ACN
Gln ou Glu, Z	CAA, CAG ; GAA, GAG	DAS	Trp, W	UGG
Gly, G	GGU, GGC, GGA, GGG	GGN	Tyr, Y	UAU, UAC	UAY
Son, H	CAU, CAC	BANC DE SABLE	Val, V	GUU, GUC, GUA, GUG	ARME À FEU
DÉBUT	AOT		ARRÊTER	UAA, UGA, UAG	URA, UAR

Tableau standard des codons d'ADN

Propriétés biochimiques des acides aminés	Non polaire	Polaire	De base	Acide		Terminaison : codon stop *		Initiation : possible codon de départ

Code génétique standard
1ère base	2e socle								3e socle
1ère base	T		C		UNE		g		3e socle
T	TTT	(Phe/F) Phénylalanine	TCT	(Ser/S) Sérine	TAT	(Tyr/Y) Tyrosine	TGT	(Cys/C) Cystéine	T
	TTC	(Phe/F) Phénylalanine	CCT		TAC	(Tyr/Y) Tyrosine	TGC	(Cys/C) Cystéine	C
	TTA	(Leu/L) Leucine	TCA		AAT	Arrêt ( Ocre ) *	ATG	Arrêt ( Opale ) *	UNE
	TTG		JCC		ÉTIQUETER	Arrêt ( Ambre ) *	TGG	(Trp/W) Tryptophane	g
C	CTT		CCT	(Pro/P) Proline	CHAT	(Son/H) Histidine	CGT	(Arg/R) Arginine	T
	CCT		CCC		CAC	(Son/H) Histidine	CCG		C
	CTA		ACC		CAA	(Gln/Q) Glutamine	CGA		UNE
	CTG		GCC		CAG	(Gln/Q) Glutamine	CGG		g
UNE	ATT	(Ile/I) Isoleucine	ACTE	(Thr/T) Thréonine	AAT	(Asn/N) Asparagine	AGT	(Ser/S) Sérine	T
	ATC		CAC		CAA	(Asn/N) Asparagine	CAG	(Ser/S) Sérine	C
	À		ACA		AAA	(Lys/K) Lysine	AGA	(Arg/R) Arginine	UNE
	ATG	(Met/M) Méthionine	ACG		AAG	(Lys/K) Lysine	AGG	(Arg/R) Arginine	g
g	GTT	(Val/V) Valine	TCG	(Ala/A) Alanine	FLINGUE	(Asp/D) Acide aspartique ↓	GGT	(Gly/G) Glycine	T
	CGV		CCG		GAC	(Asp/D) Acide aspartique ↓	GGC		C
	RGT		GCA		GAA	(Glu/E) Acide glutamique ↓	GGA		UNE
	GTG		GCG		GAG	(Glu/E) Acide glutamique ↓	GGG		g

Table de codons d'ADN inverse

Tableau inverse pour le code génétique standard (compressé en utilisant la notation IUPAC )
Acide aminé	codons d'ADN	Comprimé	Acide aminé	codons d'ADN	Comprimé
Ala, A	GCT, GCC, GCA, GCG	GCN	Ile, je	ATT, ATC, ATA	ATH
Arg, R	CGT, CGC, CGA, CGG ; AGA, AGG	CGN, AGR ; ou CGY, MGR	Leu, L	CTT, CTC, CTA, CTG ; TTA, TTG	CTN, TTR ; ou CTY, YTR
Asn, N	AAT, AAC	AAY	Lys, K	AAA, AAG	RAA
Aspic, D	CAG, CAG	GAY	Rencontré, M	ATG
Asn ou Asp, B	AAT, AAC; CAG, CAG	RAYON	Phe, F	TTT, TTC	ATS
Cys, C	TGT, TGC	TGY	Pro, P	CCT, CCC, CCA, CCG	CCN
Gln, Q	CAA, CAG	AUTO	Ser, S	TCT, TCC, TCA, TCG ; AGT, AGC	TCN, AGY
La colle	GAA, GAG	GAR	Thr, T	ACT, ACC, ACA, ACG	ACN
Gln ou Glu, Z	CAA, CAG ; GAA, GAG	DAS	Trp, W	TGG
Gly, G	GGT, GGC, GGA, GGG	GGN	Tyr, Y	TAT, TAC	TAY
Son, H	CAT, CAC	BANC DE SABLE	Val, V	GTT, GTC, GTA, GTG	GTN
DÉBUT	ATG		ARRÊTER	TAA, TGA, TAG	TRA, TAR

Codons alternatifs dans d'autres tables de traduction

Le code génétique était autrefois considéré comme universel : un codon coderait pour le même acide aminé quel que soit l'organisme ou la source. Cependant, il est maintenant admis que le code génétique évolue, entraînant des divergences dans la façon dont un codon est traduit en fonction de la source génétique. Par exemple, en 1981, il a été découvert que l'utilisation des codons AUA, UGA, AGA et AGG par le système de codage dans les mitochondries des mammifères différait du code universel. Les codons stop peuvent également être affectés : chez les protozoaires ciliés , les codons stop universels UAA et UAG codent pour la glutamine. Le tableau suivant présente ces codons alternatifs.

Propriétés biochimiques des acides aminés	Non polaire	Polaire	De base	Acide		Terminaison : codon stop *

Comparaison entre les traductions de codons avec des codes génétiques alternatifs et standards
Code	Tableau de traduction	Codon d'ADN impliqué	Codon d'ARN impliqué	Traduction avec ce code			Traduction standard	Remarques
Standard	1							Comprend la table de traduction 8 ( chloroplastes végétaux ).
Mitochondriale de vertébré	2	AGA	AGA	Arrêter *			Arg (D)
		AGG	AGG	Arrêter *			Arg (D)
		À	AUA	Rencontré (H)			Ile (I)
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Levure mitochondriale	3	À	AUA	Rencontré (H)			Ile (I)
		CTT	CUU	Thr (T)			Leu (G)
		CCT	CUC	Thr (T)			Leu (G)
		CTA	AUC	Thr (T)			Leu (G)
		CTG	CUG	Thr (T)			Leu (G)
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
		CGA	CGA	absent			Arg (D)
		CCG	CCG	absent			Arg (D)
Moisissures, protozoaires et mitochondries coelentérées + Mycoplasma / Spiroplasma	4	ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *	Comprend la table de traduction 7 ( kinétoplastes ).
Mitochondrial d'invertébré	5	AGA	AGA	Ser (S)			Arg (D)
		AGG	AGG	Ser (S)			Arg (D)
		À	AUA	Rencontré (H)			Ile (I)
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Cilié, dasycladacean et Hexamita nucléaire	6	AAT	SAU	Gln (Q)			Arrêter *
Cilié, dasycladacean et Hexamita nucléaire	6	ÉTIQUETER	UAG	Gln (Q)			Arrêter *
Mitochondries d'échinodermes et de vers plats	9	AAA	AAA	Asn (N)			Lys (K)
		AGA	AGA	Ser (S)			Arg (D)
		AGG	AGG	Ser (S)			Arg (D)
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Nucléaire euplotide	dix	ATG	UGA	Cys (C)			Arrêter *
Plastide bactérien, archéen et végétal	11							Voir le tableau de traduction 1 .
Nucléaire alternatif de levure	12	CTG	CUG	Ser (S)			Leu (G)
mitochondrial ascidien	13	AGA	AGA	Gly (G)			Arg (D)
		AGG	AGG	Gly (G)			Arg (D)
		À	AUA	Rencontré (H)			Ile (I)
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Mitochondries alternatives de vers plats	14	AAA	AAA	Asn (N)			Lys (K)
		AGA	AGA	Ser (S)			Arg (D)
		AGG	AGG	Ser (S)			Arg (D)
		AAT	SAU	Tyr (Y)			Arrêter *
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Blépharisme nucléaire	15	ÉTIQUETER	UAG	Gln (Q)			Arrêter *	Au 18 novembre 2016 : absent de la mise à jour du NCBI. Similaire au tableau de traduction 6 .
Mitochondriale chlorophycée	16	ÉTIQUETER	UAG	Leu (G)			Arrêter *
Trématode mitochondrial	21	ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
		À	AUA	Rencontré (H)			Ile (I)
		AGA	AGA	Ser (S)			Arg (D)
		AGG	AGG	Ser (S)			Arg (D)
		AAA	AAA	Asn (N)			Lys (K)
Scenedesmus obliquus mitochondrial	22	TCA	UCA	Arrêter *			Ser (S)
Scenedesmus obliquus mitochondrial	22	ÉTIQUETER	UAG	Leu (G)			Arrêter *
Thraustochytrium mitochondrial	23	TTA	UUA	Arrêter *			Leu (G)	Similaire à la table de traduction 11 .
Pterobranchia mitochondrial	24	AGA	AGA	Ser (S)			Arg (D)
		AGG	AGG	Lys (K)			Arg (D)
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Division candidate SR1 et Gracilibactéries	25	ATG	UGA	Gly (G)			Arrêter *
Pachysolen tannophilus nucléaire	26	CTG	CUG	Ala (A)			Leu (G)
Nucléaire caryorélique	27	AAT	SAU	Gln (Q)			Arrêter *
		ÉTIQUETER	UAG	Gln (Q)			Arrêter *
		TG	UGA	Arrêter *	ou	Trp (W)	Arrêter *
Condylostome nucléaire	28	AAT	SAU	Arrêter *	ou	Gln (Q)	Arrêter *
		ÉTIQUETER	UAG	Arrêter *	ou	Gln (Q)	Arrêter *
		ATG	UGA	Arrêter *	ou	Trp (W)	Arrêter *
Mésodinium nucléaire	29	AAT	SAU	Tyr (Y)			Arrêter *
Mésodinium nucléaire	29	ÉTIQUETER	UAG	Tyr (Y)			Arrêter *
Nucléaire de Péritrich	30	AT	SAU	Glu (E) ↓			Arrêter *
Nucléaire de Péritrich	30	ÉTIQUETER	UAG	Glu (E) ↓			Arrêter *
Blastocrithidia nucléaire	31	AAT	SAU	Arrêter *	ou	Glu (E) ↓	Arrêter *
		ÉTIQUETER	UAG	Arrêter *	ou	Glu (E) ↓	Arrêter *
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *
Code mitochondrial des Cephalodiscidae	33	AGA	AGA	Ser (S)			Arg (D)	Similaire à la table de traduction 24 .
		AGG	AGG	Lys (K)			Arg (D)
		AAT	SAU	Tyr (Y)			Arrêter *
		ATG	UGA	Trp (W)			Arrêter *

Voir également

Remarques

Les références

Lectures complémentaires

Chevance FV, Hughes KT (2 mai 2017). "Cas du code génétique comme un triplet de triplés" . Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique . 114 (18) : 4745-4750. doi : 10.1073/pnas.1614896114 . JSTOR 26481868 . PMC 5422812 . PMID 28416671 .
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Wahba AJ, Gardner RS, Basilio C, Miller RS, Speyer JF, Lengyel P (janvier 1963). "Polynucléotides synthétiques et code d'acides aminés. VIII" . Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique . 49 (1) : 116-122. Bibcode : 1963PNAS ... 49..116W . doi : 10.1073/pnas.49.1.116 . PMC 300638 . PMID 13998282 .
Yanofsky C (9 mars 2007). « L'établissement de la nature triplet du code génétique » . Cellule . 128 (5) : 815-818. doi : 10.1016/j.cell.2007.02.029 . PMID 17350564 . S2CID 14249277 .
Zaneveld J, Hamady M, Sueoka N, Knight R (28 février 2009). « CodonExplorer : Une base de données en ligne interactive pour l'analyse de l'utilisation des codons et de la composition des séquences ». Bioinformatique pour l'analyse des séquences d'ADN . Méthodes en biologie moléculaire. 537 . p. 207-232. doi : 10.1007/978-1-59745-251-9_10 . ISBN 978-1-58829-910-9. PMC 2953947 . PMID 19378146 .

Liens externes

Diagramme de codons d'ADN organisé dans une roue

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